Asatura. Dimostrare saturazione nelle sequenze di nucleotidica
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Asatura. Descrizione

Il solito modo per dimostrare la saturazione nelle sequenze di nucleotidica è di tracciare la frazione di differenze tra sequenze contro la distanza evolutiva che li separa. Quando il numero di differenze osservate, ad esempio per la frazione di terze posizioni del codone, non aumenta più con la crescente distanza evolutiva, si dice che la sequenza sia saturata. La stessa tecnica può essere applicata alle sequenze di amminoacidi (AA). Abbiamo sviluppato un'applicazione Java chiamata Asatura che discrimina sostituzioni AA con elevate e basse probabilità di verificarsi. Tutte le sostituzioni AA sono definite come "frequente" o come "rare" a seconda delle loro probabilità di mutazione, che sono dedotti dalle matrici di probabilità di sostituzione, come il noto PAM e Bluso. Queste 20 matrici forniscono le probabilità derivate empiricamente di un AA sostituite da un altro quando le sequenze hanno divertito su una certa distanza evolutiva. L'applicazione Asatura ordinerà tutte le sostituzioni secondo queste probabilità e un valore di "cut-off" di probabilità può essere scelto che differenzia tra sostituzioni frequenti e rare. Per ogni coppia di sequenza, il programma tramonta il numero di sostituzioni frequenti e rare osservate contro la loro distanza evolutiva. Modificando il valore del "cut-off" della probabilità di sostituzione, il numero di sostituzioni AA classificata come frequente o raro può essere modificata. Idealmente, una selezione accurata del valore "cut-off" divide i dati originali impostati in uno saturo e insaturo. Oltre alle matrici di probabilità di sostituzione della sostituzione più ampiamente utilizzate, come PAM, Bluso, MTREV24 e JTT, matrici definite dall'utente possono essere utilizzate anche.

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