Cerchi rdm. Un programma per automatizzare l'analisi comparativa della struttura secondaria dell'RNA
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Cerchi rdm. Classifica e riepilogo

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Cerchi rdm. Descrizione

L'applicazione dei cerchi RDM è stata progettata per essere un programma sperimentale di Windows per inferirendo la struttura secondaria dell'RNA utilizzando il metodo comparativo. L'analisi comparativa è il metodo preferito per inferire la struttura secondaria dell'RNA, ma il suo utilizzo richiede considerevole esperienza e sforzo manuale. Poiché l'importanza della struttura secondaria per l'allineamento accurato della sequenza e l'analisi filogenetica diventa sempre più realizzata, la necessità di modelli di struttura secondaria per diversi gruppi tassonomici diventa più pressatura. La corrispondenza massima del peso (MWM) è un approccio teorico grafico per inferire la struttura secondaria dell'RNA che mostra una notevole promessa. Ci vuole come input un insieme di punteggi di abbinamento base che possono essere derivati da una serie di fonti, come considerazioni di energia libera, informazioni reciproche o dati sperimentali. Questi dati possono essere rappresentati come un grafico pieghevole in cui i vertici sono posizioni di allineamento e le linee oi bordi che collegano un paio di vertici viene fornito un peso proporzionale alla quantità di prove per quell'abbinamento. Una corrispondenza è un sottogramma del grafico di piegatura in cui nessun vertice è collegato a più di un altro vertice. L'abbinamento con il più grande peso del bordo totale è preso per essere la migliore stima della struttura dell'RNA. Questa corrispondenza può includere informazioni sulla struttura sia secondaria che terziaria, come PseudokNots. MWM può migliorare notevolmente il processo di analisi della struttura comparativa delle sequenze di RNA ed è stata testata con successo sulle sequenze TRNA, SRP RNA e 16S RRNA.

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