Caricatore di database WPDB.Analizza la struttura 3D delle macromolecole biologiche veloci e facili. | |
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Caricatore di database WPDB. Classifica e riepilogo
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- Licenza:
- Freeware
- Nome editore:
- Ilya Shindyalov & Phil Bourne
- Sistemi operativi:
- Windows All
- Dimensione del file:
- 255 KB
Caricatore di database WPDB. Tag
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Caricatore di database WPDB. Descrizione
Il caricatore del database WPDB è uno strumento pratico e facile da usare appositamente progettato per aiutare a interrogare la struttura tridimensionale delle macromolecole biologiche risulta che si trova nella banca dati proteica (PDB) utilizzando query e strumenti di visualizzazione come quelli mostrati sopra. Caratteristiche principali: Scientifico: Trova strutture basate su ricerche di testo e sequenze (materie corrispondenze consentite). Allineamento sequenza di una sequenza di registro contro più sequenze target in base al metodo di needleman e wunsch (JMB 48 (3): 443-453, 1970). Struttura sovrapposizione utilizzando le posizioni di Calpha secondo il metodo di Hendrickson (Acta CRYSTA35: 158-163, 1979. Assegnazioni della struttura secondaria in base al metodo di Kabsch e Sander. Analisi del profilo della proprietà Aminoacid, sia statico che dinamico: statico secondo i valori compilati da Bogardt et al.; L'esposizione dinamica e media secondo Lee e Richards (JMB 55: 379-400, 1971) e esperientale B FactorsProfili per un singolo polipeptidico o profili di differenza per due catene polipeptidi allineati possono essere esaminati. Contatta l'analisi della mappa a diverse distanze di interruzione e con diversi gruppi di atomo in strutture di contactsingle o strutture sovrapposte (le diverse mappe di contatto) possono essere esaminate. Tipica visione e rendering 3-D, comprese le opzioni per visualizzare o evidenziare le sottostrutture, la rappresentazione del CPK, la stereo e le superfici semplici (colorate in base alla distanza dall'utente). Calcolo della geometria (lunghezze obbligazionarie, angoli obbligazionari, angoli diedrizzati, stretti contatti non legati) compresa la rappresentazione grafica e deviazioni da piccole distanze di molecola. Computing: Compressione dei dati - Circa una riduzione di 20 volte in stoccaggio sulla distribuzione del file ASCII PDB, ma con: (i) Informazioni bibliografiche limitate all'autore e ai record del JRNL; (ii) facoltativamente il primo o tutti i membri di un ensemble di NMR o strutture del modello incluse; (iii) solo la prima conformazione alternativa come definita nel file PDB per parti di una struttura cristallina con occupazioni parziali; (iv) coordinate atomiche arrotondate a 2 e non 3 punti decimali; (v) Nessun documento di osservazione PDB. Oggetti di visualizzazione interoperabili - Quando una funzione è selezionata in un oggetto di visualizzazione (E.GA Contact Map), tutti gli altri oggetti di visualizzazione visibili (visualizzatore di visualizzazione visibile (E.G3-D Viewer) e quelli invocati successivamente vengono aggiornati per illustrare questa funzione . Accesso diretto a Raswin il popolare programma di visualizzazione molecolare. Documentazione stampata sincronizzata e guida sensibile al contesto creata utilizzando il pacchetto DOCTOHELP.
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