Bbrowser

Berkeley Quantitative Genome Browser
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Bbrowser Classifica e riepilogo

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  • Rating:
  • Licenza:
  • Freeware
  • Nome editore:
  • Michael Eisen
  • Sistemi operativi:
  • Windows All
  • Dimensione del file:
  • 5.3 MB

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Bbrowser Descrizione

Il nome Bbrowser rappresenta il browser del genoma quantitativo Berkeley. BQGB duplica gran parte della funzionalità di visualizzazione dell'annotazione tipica di un browser del genoma ma con un'enfasi sui dati personalizzati e quantitativi come quello prodotto in alti studi di sequenziamento e associazione di genoma. L'applicazione viene eseguita localmente sul desktop o sul computer portatile di un utente, evitando il lento back-event dei browser del genoma basato sul web. BQGB si aspetta che i file di dati siano locali per il processo di applicazione e in un formato di file come GFF, BED, SGR, parrucca, FASTA o qualsiasi formato delimitato da colonna che fornisce sequenze e posizioni di posizione della coppia di base. Questa topografia dovrebbe generalmente essere più veloce di quella di un database remoto centrale più il browser Web basato sul web quando si lavora con molti file personalizzati, cioè. Il download di un'unica annotazione di riferimento nella propria macchina locale è più rapida del caricamento di centinaia di file di dati personalizzati su un server remoto! Le esigenze di navigazione sono varie e nessuno strumento di visualizzazione dovrebbe fornire uno strumento di visualizzazione dei diversi fenomeni di genetica molecolare, da SNP altamente localizzati, a elementi quasi localizzati, a elementi di regolamentazione, a distanti relazioni trans che possono persino coprire specie altamente divergate. Oltre alle visualizzazioni confezionate con BQGB, l'applicazione fornisce un'API open source destinata a facilitare il lavoro di sviluppo in corso che affronta la visualizzazione e l'esplorazione in evoluzione delle esigenze di inchiesta genetica molecolare.


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