Bambbe. Analisi Bayesian in Biologia Molecolare ed Evoluzione
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Bambbe. Classifica e riepilogo

Bambbe. Tag

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Bambbe. Descrizione

Il nome Bambbe rappresenta l'analisi bayesiana in biologia molecolare ed evoluzione. Bambbe è stato sviluppato per essere un pacchetto software gratuito per l'analisi bayesiana delle filogenie. Il pacchetto include programmi per l'analisi dei dati di sequenza DNA o RNA allineati e consente ai set di dati con lacune o siti indeterminati. Il programma principale utilizza una varietà di algoritmi di Metropolis-Hastings da campionare dalla distribuzione deltonica congiunta di alberi filogenetici e parametri del modello di verosimiglianza. Altri programmi nella Guida di distribuzione nell'analisi degli alberi campionati e dei valori dei parametri. Nota: Ognuno è concesso il permesso di copiare e utilizzare questo pacchetto software e la documentazione di accompagnamento per l'uso accademico personale Caratteristiche principali: una scelta di modelli di probabilità. HKY85 (HASEGAWA-KISHINO-YANO, 1985) F84 (come implementato nel phylip di Felsenstein) TN93 (Tamura-Nei, 1993) Una scelta di campionatori di Metropolis-Hastings per proporre nuovi alberi filogenetici (compresa una nuova versione di distribuzione beta ridimensionata di Local). Metropolis-Hastings Samplers per proporre nuovi parametri del modello. la scelta dei campionatori separati per Burn-in e Defence. Specifica flessibile delle categorie del sito con valori dei parametri separati per ogni categoria del sito. una scelta per inizializzare la ricerca ad un albero casuale, l'albero di upgma, l'albero di giunzione del vicino o un albero definito dall'utente. Due formati (Bambbe e Newick) per leggere e scrivere alberi. HTML Guida file. Monitoraggio grafico in tempo reale dei parametri dell'albero e del modello.

Bambbe. Software correlato