BESTIA Analizza sequenze molecolari con questo software.
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BESTIA Descrizione

Gli alberi di campionamento dell'analisi evolutiva bayesiano o, semplicemente mettono, Bestia, è un'applicazione progettata per analizzare le sequenze molecolari. Una descrizione più scientifica per il suo scopo sarebbe quella che fornisce i mezzi per ricostruire i filogeni e funziona anche come piattaforma per il test di ipotesi evolutivi senza condizionamento su una sola topologia dell'albero. Si basa su Java, una dipendenza che non viene scaricata automaticamente durante la procedura di installazione del programma. Se Java non è presente sul sistema, il prodotto non viene lanciato.Funzionalità e usabilità Quando si avvia, Beast richiede alcune impostazioni iniziali, che includono una fornitura di un file di esempio, definendo il numero di catene e la scelta tra delta o parametri di temperatura. L'analisi dei può richiedere abbastanza a lungo, soprattutto se viene utilizzato un computer più basso. Durante l'operazione le risorse di sistema non sono risparmiate in quanto vengono inserite sotto stress notevole, sia la potenza della CPU che l'utilizzo della RAM. A causa del formato XML accettato dall'applicazione non è tentativo di determinare il tipo di ricercatori di analisi che vogliono eseguire ma offre la possibilità di selezionarla. Secondo la documentazione, c'è un inconveniente a questo approccio poiché i modelli di costruzione potrebbero non funzionare bene sotto il quadro di inferenza di Markov Catena Monte Carlo (MCMC). Anche sul lato negativo, i dati devono essere ispezionati attentamente perché dopo aver analizzato la Bestia non viene fornita una risposta semplice. Come tale, in alcuni casi è necessario un po 'di tintinnio per assicurarsi che le informazioni siano state elaborate correttamente. ConclusionBeast è progettato come strumento scientifico e non affronta l'utente medio. Lavorare con esso non è difficile, ma interpretando i risultati e assicurandosi che i dati siano stati elaborati correttamente richiede un background solido in analisi della sequenza molecolare. Recensito da Ionut Ilascu, ultimo aggiornamento il 22 marzo 2014

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