Proteinshop. Proteinshop è uno strumento interattivo per manipolare le strutture proteiche.
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Proteinshop. Classifica e riepilogo

Proteinshop. Tag

manipolazione proteina strumento interattivo Bio-informatica applicazione bioinformatica Manipolatore delle proteine

Proteinshop. Descrizione

Proteinshop è uno strumento interattivo per manipolare le strutture proteiche. Proteinshop è uno strumento interattivo per manipolare le strutture proteiche. È stato progettato per creare rapidamente una serie di configurazioni proteiche utilizzando la conoscenza e l'intuizione umana. Queste configurazioni possono essere sottoposte a ottimizzazione locale o globale. Sebbene ProteinShop non esegue il processo di ottimizzazione globale stesso, fornisce un quadro che può essere utilizzato per interagire con un processo di ottimizzazione globale che potrebbe essere in esecuzione su una macchina remota. Protezione di proteiinshop presenta tre livelli di funzionalitàLavel I: Visualizza una struttura proteica 3D · Creare Una proteina 3D "da zero", cioè un amminoacido alla volta, da una sequenza di amminoacidi e previsioni della struttura secondaria. · Caricare una struttura proteica 3D da un file PDB. · Fornire tecniche di visualizzazione standard come la sfera di atom e rendering dei cartoni animati.level II: manipolazione interattiva della struttura proteica 3D cambiando angoli di diedral lungo la sua spina dorsale · Allineamento della struttura secondaria manuale trascinando strutture secondarie selezionate (alfa-eliche e beta-fili). · Cambia la forma dei beta-fili consentendo di torsione, arricciatura e pieghettatura. · Formare automaticamente i beta-fogli paralleli / antiparalleli. · Salvare / caricare frammenti della proteina per il riutilizzo in altre configurazioni s. · · Aiuta allineare strutture secondarie per formare strutture terziarie fornendo guide e marker di visualizzazione come il rendering del rendering obbligazionario dell'idrogeno e la visualizzazione di collisione atomica. · Modificare i tipi di struttura secondaria per gli amminoacidi selezionati "on-the-fly" per sperimentare con secondario debole o conflittuale Pronostici della struttura. · Valutare l'energia di una struttura proteica 3D utilizzando il codice di calcolo energetico fornito esternamente. · Visualizzare energia calcolata.Level III: monitor /er A (remoto) Processo di ottimizzazione globale · Connettiti a / Disconnetti da un processo di ottimizzazione globale. · Scarica Configurazioni candidatate da un processo di ottimizzazione. · Carica configurazioni manipolate per il processo di ottimizzazione. · Monitorare il processo di ottimizzazione scaricando l'intero albero delle configurazioni. Ciò sono alcune caratteristiche chiave di "Proteinshop": · Aiuta i ricercatori a generare automaticamente strutture terziarie da sequenze e previsioni della struttura secondaria Disponibile dai server di previsione accessibili tramite Internet. · E ' Scienziati delle cabine per applicare la loro conoscenza biochimica e l'intuizione durante la manipolazione interattiva delle strutture proteiche. · Fornisce la visualizzazione di energia libera calcolata durante la modellazione per facilitare il confronto e l'analisi delle strutture alternative. · Accelera la scoperta di configurazioni a bassa energia applicando le ottimizzazioni locali a Strutture proteiche selezionate dall'utente. · Crea automaticamente una varietà di configurazioni beta basate su probabilità per topologie di lamiere beta e allineamenti corrispondenti .requirementi: · OpenGL o GL per il rendering 3-D · FLTK per GUI · Ambra for Energy ComputationInstallation: usa Makefile standard Incluso nella directory SRC.Go alla directory "SRC" digitare quindi "Make" per costruire Proteinshop. *** L'impostazione FLTK nel compilatore MakeFilethe si aspetta includere i file sotto $ (fltk_base) / $ (INCDIR), le librerie sotto $ (fltk_base) / $ (libdir) e qualsiasi strumento di costruzione necessaria sotto (fltk_base) / $ (Bindir). Se si dispone di una configurazione diversa, è necessario modificare a mano i flag compilatore in basso.fltk_base = / usr / localon Alcune installazioni, FLTK OpenGL funziona in un separatelibrary, libfltk_gl. Se il linker si lamenta di undefinedsymbols, prova ad aggiungere -lfltk_gl alla riga qui sotto prima -lfltk.fltk_libs = -l $ (fltk_base) / $ (libdir) -lfltk_gl -lfltk

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