SODIO sodio organizza ioni intorno a macromolecole biologiche.
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Arrangiatore ioni SODIO

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Sodio, organizza ioni intorno a macromolecole biologiche. Questo programma posiziona il numero richiesto di ioni di sodio attorno a un sistema di cariche elettriche, ad esempio gli atomi di una macromolecola biologica (complesso di proteine, del DNA, del Protein / DNA). Gli ioni sono collocati nei nodi di una griglia cubica, in cui il L'energia elettrostatica raggiunge i valori più piccoli. L'energia è ristrutturata dopo il posizionamento di ciascun ione. Una semplice formula coulombica viene utilizzata per l'energia: energia (R) = somma (i_atoms, ioni) Q_i / | r-r_i | tutte le costanti vengono abbandonate da questa formula, con conseguente alcune unità energetiche strane; Ciò non importa per il confronto dell'energia. Per accelerare il programma, gli atomi della macromolecola sono ri-localizzati ai nodi della griglia, più vicini alle loro posizioni originali. Si ritiene che l'errore risultante sia minorento minore, rispetto a quello derivante dal posizionamento ioni uno per uno a uno o dall'uso della funzione energetica semplificata. Le coordinate degli ioni posizionate vengono stampate nel formato PDB per ulteriori utilizzo. Si raccomanda che gli ioni posizionati siano equilibrati in una simulazione separata Monte Carlo o Molecular Dynamics. Le modifiche banali del programma dovrebbero consentire il posizionamento di qualsiasi combinazione di ioni multillanti di diversi accuse.

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