Bio :: Indice :: BLAST BIO :: INDICE :: BLAST è un modulo Perl con indici Blast Reports e supporta il recupero basato sull'adesione delle query.
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modulo Perl rapporti Raffica Blast Reports. interrogazione adesione

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BIO :: Indice :: BLAST è un modulo Perl con indici Blast Reports e supporta il recupero basato sull'adesione delle query. BIO :: INDICE :: BLAST è un modulo Perl con indici BLAST Reports e supporta il recupero basato sull'adesione della query .synopsis utilizzare rigido; Usa Bio :: Index :: BLAST; My ($ indexfile, $ file1, $ file2); My $ index = new bio :: indexEX :: BLAST (-Filename => $ indexfile, -write_flag => 1); $ index-> make_index ($ file1, $ file2); il mio ID $; My $ Data = $ index-> get_stream ($ ID); My $ Bplite_report = $ index-> fetch_report ($ ID); Stampa "Query è", $ Bplite_report-> Query, "n"; while (My $ SBJCT = $ bplite_report-> nextsbjct) {stampa $ SBJCT-> Nome, "n"; while (my $ hsp = $ sbjct-> nexthsp) {stampa "t e-valore", $ hsp-> p,} stampare "n"; } Questo oggetto consente di costruire un indice su un file BLAST (o file) e fornire un rapido accesso al rapporto di esplosione per quell'adesione. Nota: per i migliori risultati "utilizzare rigidi". Requisiti: · Perl.

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