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Bio :: Matrix :: PSM :: IstancesIte Classifica e riepilogo
- Licenza:
- Perl Artistic License
- Nome editore:
- Stefan Kirov
- Sito web dell'editore:
- http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/Bio/Matrix/PSM/InstanceSite.pm
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BIO :: Matrix :: PSM :: IstancesIte è un sito PSM ESCALUENZA. Bio :: Matrix :: PSM :: IstancesIte è un sito PSM ESCULANCUAL.Synopsis Usa Bio :: Matrix :: PSM :: IstancesIte; #You puoi ottenere un oggetto in caso di installazione da un file: My ($ istanze, $ matrice) = $ somepsmfile-> parse_next; # Dalla memoria my% params = (seq => 'tataat', id => "tatabox1", accession => 'ensg00000122304', mid => 'tb1', desc => 'tata box, verificato sperimentalmente nel gene PRM1' , relpos => - 35); interfaccia astratta all'occorrenza del sito PSM (corrispondenza sequenza PSM). Gli oggetti instangiti possono essere utilizzati per descrivere un PSM (vedere Bio :: Matrix :: PSM :: Sitematrix) partite di sequenza. La solita caratteristica di tale corrispondenza è coordinata di sequenza, punteggio, sequenza e sequenza (gene) identificativo - numero di adesione o altro ID.Questo oggetto eredita da BIO :: LOCATABLESEQ (che definisce la sequenza reale) e potrebbe contenere un oggetto Sitematrix, utilizzato Per rilevare l'Elemento CRE (Elemento CIS-Regulatory), o creato da questa crescita della documentazione afferma che la combinazione ID Motivo e ID genico (adesione) dovrebbe essere univoco, questo non è del tutto vero, potrebbe esserci più di una presenza di Lo stesso elemento di regolamento cis nella regione a monte dello stesso gene. Pertanto Rallpos sarebbe il terzo elemento per creare una combinazione davvero unica. Requisiti: · Perl.
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