jmotu. L'analisi dei dati della sequenza del DNA del codice a barre è facile.
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jmotu. Descrizione

JMoTU è un pacchetto utile e facile da usare appositamente progettato per aiutarti i dati della sequenza del DNA del codice a barre del cluster in unità tassonomiche operative molecolari (Motu). Se non sei sicuro di cosa sia un Motu, consultare le pagine a barre del DNA sul nostro sito web. Jmotu fa quanto segue: · Legge sequenze di input in formato Fax o Nexus · Calcola le distanze tra le coppie di sequenze utilizzando una combinazione di esplosioni e il narchaleman-wunch esatto algoritmo di allineamento globale · Cluster Input Sequents in Motu utilizzando varie misure di taglio JMoTU può elaborare i set di dati di grandi dimensioni e utilizza una serie di passaggi di filtraggio per ridurre al minimo il numero di esatti allineamenti globali che devono essere eseguiti. Quando si calcolano le distanze a coppie, JMoTU ignora le lacune e conta solo le partite errate del nucleotide, rendendola relativamente robusta per sequenziare errori causati da esecuzioni di omopolimero. Il clustering viene effettuato utilizzando un algoritmo avido che non dipende dall'ordine di sequenza di input. JMoTU è stato testato sui set di dati GRUE di circa 50.000 sequenze di input e possono cluster cluster più grandi dataset preformando precluster dei sottoinsiemi di dati prima di combinarli per un'analisi globale.

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