Ng-new. Un metodo di Nei-Gojobori modificato per il calcolo di distanze sinonimi e non sinonimi
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Ng-new. Classifica e riepilogo

Ng-new. Tag

sequenza Sequenza del DNA Dna. nucleotide Tasso di nonsynonimo Trova distanze patristiche distanza sinonimo distanza non sinonimo Radicale nonsonynonyming distanza Sostituzione sinonimo Sostituzione nonsynonymus. Modificato Rational Method sinonimo

Ng-new. Descrizione

L'applicazione NG-New è stata sviluppata un piccolo strumento per la riga di comando per stimare distanze sinonimi e non personali tra le sequenze di DNA di codifica delle proteine. Il metodo viene modificato dal metodo originale Nei e Gojobori (1986) per tenere conto del pregiudizio della transizione. Per utilizzare il programma, è necessario un file di input contenente le sequenze di DNA di codifica proteica (vedere rnase.seq per un esempio). Questo file inizia con due numeri: il numero di sequenze e il numero di nucleotidi per sequenza (lunghezza della sequenza). La seconda linea sarà il nome della prima sequenza e la terza linea sarà la prima sequenza, e così via. Sono ammessi solo a, g, c, t, a, g, c e t. Le lacune devono essere rimosse e le sequenze dovrebbero essere allineate in anticipo. Le sequenze dovrebbero includere solo le regioni di codifica delle proteine, con i codoni di arresto rimossi.

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