Mcheza. Rileva i marcatori dominanti con questa app Java
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Mcheza. Classifica e riepilogo

Mcheza. Tag

banco di lavoro marcatore

Mcheza. Descrizione

Mcheza è stato sviluppato come un banco da lavoro per il rilevamento della selezione accessibile e open source per i marcatori dominanti. Comprendere il contributo della selezione e dell'adattamento molecolare nella modellatura della vasta variazione del genoma ha molte applicazioni che vanno dalla salute umana alla conservazione delle specie in via di estinzione. Mcheza fornisce una piattaforma integrata per testare i marcatori dominanti per la selezione. L'applicazione unisce il kernel DFDIST, un metodo FST-Sopratore ampiamente utilizzato per rilevare la selezione con un'interfaccia intelligente e facile da usare. Caratteristiche principali: DFDIST - Il nucleo di Mcheza è una versione dominante di un metodo FST antier ampiamente utilizzato per rilevare la selezione. Supporto per la correzione multitest basata su tassi di scoperta false (FDR). La correzione multitest è fondamentale per evitare un'elevata sovrastima della percentuale di valori anomali. Java Web Start Application con un'interfaccia facile da usare, direttamente utilizzabile dal Web. Importazione dei dati nel formato Genepop. Esportazione dei dati in software foglio di calcolo R o comunemente utilizzato. Capacità di scegliere quali popolazioni e / o loci sono studiate. Avvicinamento della media neutra media rimuovendo il potenziale loci selezionato. Avvicinando il FST simulato medio al valore medio trovato sul set di dati veri anche quando le condizioni sperimentali sono lontane da quelle in cui la formula teorica è (ad es. Numero basso di demose o l'utilizzo del modello di mutazione graduale). Levigatura iterativa dei contorni dell'intervallo di confidenza. Generazione di grafica di qualità di pubblicazione in diversi formati (PNG, SVG e PDF) Capacità di utilizzare più core della CPU quando si esegue DFDist.

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