Amm. Una moderna meccanica molecolare completa
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Amm. Descrizione

L'applicazione AMMP è stata sviluppata per essere un moderno programma di meccanica molecolare, dinamica e modellazione completa. Può manipolare sia le piccole molecole che le macromolecole tra cui proteine, acidi nucleici e altri polimeri. Oltre alle caratteristiche standard, come una dinamica molecolare numerica stabile, metodo multiplo veloce per includere tutti gli atomi nel calcolo dei potenziali a lungo raggio e dei robusti ottimizzatori strutturali, ha una scelta flessibile di potenziali e una capacità semplice ma potente di manipolare le molecole e analizzare l'individuo Termini energetici. Un importante vantaggio rispetto a molti altri programmi è che è facile introdurre collegamenti polimerici non standard, ligandi insoliti o residui non standard. L'aggiunta di atomi di idrogeno mancante e completando strutture parziali, che sono difficili da molti programmi, sono semplici in AMMP. AMMP comprende solo la propria lingua. Leggi un file di coordinate esistente compilandolo in linguaggio AMMP. Il programma preammp (prewin) lo fa. Preammp può essere eseguito da solo o chiamato dal menu File in AMMP95. Preammp richiede diversi input. Ti verrà richiesto ognuno di loro con un menu di scelta file di Windows. Se non ti piace semplicemente annullare la finestra e inserisci il nome file nella finestra Prewin Man (questo è più semplice da fare che per descrivere!). Quando non hai un file, ad esempio quando si generano coordinati da zero è necessario annullare il menu di scelta del file di Windows e quindi inserire il ritorno per la finestra principale. Preammp funziona solo un residuo alla volta. Avrai bisogno di fornire il collegamento intermonomo in un polimero. Script come peplink.amp (per proteine) e ndick.amp (per il collegamento DNA / RNA standard) sono forniti. Questi sono stati generati generando il modello per il dimero ed estraendo i termini appropriati. Sono anche un buon posto per vedere come manipolare atomi e potenziali in uno script automatico. Per creare una nuova molecola devi prima definire un modello. Quindi esegui preammp. Quando Preammp richiede un set di coordinate non inserire alcun nome di file. A differenza del caso di molecola esistente, il preammp non sarà in grado di cercare automaticamente il tipo di molecola dalle coordinate. Quindi ti verrà richiesto di inserire un nome di molecola. Questo è limitato a tre caratteri per adattarsi al formato PDB. (Ci scusiamo per questo, ma è così che è).

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