nmoldyn. Un programma interattivo per l'analisi delle traiettorie di dinamiche molecolari
Scarica ora

nmoldyn. Classifica e riepilogo

nmoldyn. Tag

analizzare simulare calcolare simulazione della molecola Analisi della molecola calcolo della traiettoria

nmoldyn. Descrizione

Un programma interattivo per l'analisi delle traiettorie di dinamiche molecolari NMOLDYN è un programma di analisi interattivo per le simulazioni di dinamiche molecolari. È progettato appositamente per il calcolo e la decomposizione di spettri di dispersione dei neutroni, ma calcola anche altre quantità.nmoldyn può calcolare le seguenti quantità: Quantità relative alla dispersione di neutroni Coerente funzione di dispersione intermedia · Funzione di memoria per funzione di dispersione coerente · Fattore di struttura dinamica · Intermediazione incoerente Funzione di scattering · Fattore di struttura incoerente elastico Altre quantità Media-spostamento quadrato · Funzione di autocorrelazione della velocità · Funzione di memoria per la funzione di autocorrelazione della velocità · Densità degli stati · Funzione di autocorrelazione della velocità angolare (e del suo spettro) · Funzione di correlazione riorientazionale Inoltre, NMoldyn può costruire traiettorie modificate da Una traiettoria di input: · Traiettorie rigide del corpo, in cui vengono eliminate le movimenti interne delle molecole (o di loro parti) · Traiettorie angolari, che descrivono movimenti rigidi del corpo per coordinate centrali e orientali (quaternion) · Frequenza- Traejecto filtrato. Ries, da cui vengono eliminati i movimenti al di fuori di un intervallo di frequenza specificato NMOLDYN è entrambe un'interfaccia utente grafica che è facile da usare e un'interfaccia della riga di comando per utenti esperti. Quest'ultimo è anche appropriato per le situazioni in cui l'interfaccia grafica non può essere utilizzata per motivi tecnici (restrizioni di rete ecc.) NMoldyn utilizza il toolkit di modellazione molecolare (MMTK) e si aspetta che le traiettorie siano in formato MMTK (file NetCDF). Convertitori di traiettoria per Charmm / X-Plor / Namd e Dlpoly Traiejectories sono inclusi nella distribuzione. Un convertitore per le traiettorie Amber è disponibile separatamente. Tutti i calcoli NMoldyn possono essere applicati a un intero sistema o ai sottoinsiemi arbitrari. I sottoinsiemi più comuni possono essere selezionati nell'interfaccia grafica da un elenco, le selezioni meno comuni possono essere specificate da Python Code tramite l'interfaccia della riga di comando. NMoldyn dovrebbe funzionare con tutte le principali varianti di UNIX (incluso Mac OS X e Linux) e Windows. C'è un piccolo codice specifico del sistema in NMoldyn stesso, quindi il porting nMoldyn ad altri sistemi dovrebbe essere semplice. Requisiti: · Python. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Correzioni di bug · Convertitore di traiettoria per DL_POLY 3

nmoldyn. Software correlato