Sigillo SE-AL - Applicazione per la creazione di più allineamenti di sequenze da nucleotide e sequenze di amminoacidi
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amminoacido allineare Sequenza Aligner. nucleotide allineare la sequenza del nucleotide Allinea l'aminoacido

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Se-AL - Applicazione per la creazione di più allineamenti di sequenze da sequenze di nucleotide e amminoacidi Se-AL è un'applicazione per la creazione di più allineamenti di sequenza da nucleotide e sequenze di amminoacidi. Al momento non fa alcun allineamento automatico, ma è destinato alla produzione di allineamenti a mano e per la preparazione di ingressi per programmi di allineamento come programmi di ricostruzione di clusal e filogenesi come Phylip e PAUP.Se-AL è particolarmente utile per la manipolazione del DNA di codifica delle proteine / RNA Sequences.Hhere sono alcune caratteristiche chiave di "SE AL": · L'importazione ed esportazione di sequenze in una gamma di formati comunemente usati. Al momento, sono supportati Nexus, Phylip, Mega, NBRF, FAST, GDE e GDE. Alcuni di questi formati sono inaffidabili perché il formato non è ben definito o non potrei essere disturbato. Inviami un'email con i file che non riescono all'importazione. · Per le sequenze di nucleotidica dei geni di codifica proteica L'utente può passare liberamente tra tre modalità: Nucleotidi - Modificare l'allineamento al livello delle basi singole, dei codoni - Modifica l'allineamento dei codici in qualsiasi cornice di lettura e traduzione - Modificare l'allineamento degli amminoacidi inferiori tradotti utilizzando vari codici genetici (la modifica effettuata in questa modalità è effettivamente eseguita alle sequenze di nucleotidica originali che consentono l'allineamento degli amminoacidi ma l'esportazione dell'allineamento finale come nucleotide). I telai di lettura spostamento, l'inverno e la complementazione possono essere eseguiti tutti in modo indipendente a qualsiasi sequenza e annullati. · Gli allineamenti possono essere modificati selezionando un blocco di sequenze e scorrendola relativa alle altre sequenze. Le lacune si apriranno dietro il blocco. Queste modifiche possono essere annullate. · Sequenze e le loro etichette possono essere modificate in una finestra separata. Le sequenze raw possono anche essere incollate da altre fonti (come file di testo di Genbank e e-mail) in questa finestra. Spazi, caratteri formatori e non sequenziali (ad es. Numeri) vengono rimossi automaticamente. · Una sequenza di consenso può essere visualizzata sopra l'allineamento. · Gli allineamenti vengono salvati in formato binario che consentono un'apertura rapida e la conservazione di qualsiasi trasformazione (cioè frame di lettura, complementare o traduzione) che è stato utilizzato. · Tagliare, copiare e incollare intere sequenze o sezioni di allineamento all'interno e tra documenti di allineamento. Copia e incolla tra Se-AL e altre applicazioni in formato Nexus. · Sequenze di trascinamento e rilascio, allineamenti e regioni tra Windows o ad altre applicazioni in formato Nexus. · Ricerca di motivo o regione simile a una determinata sequenza (molto primitiva al momento ).

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