Puma Uno strumento per l'analisi bayesiana dell'adeguatezza del modello partizionato
Scarica ora

Puma Classifica e riepilogo

Puma Tag

analizzare analisi Bayesian. Analisi bayesiana

Puma Descrizione

PUMA è un'applicazione basata su Java che valuta l'adeguatezza dei modelli filogenetici di evoluzione della sequenza in un contesto bayesiano utilizzando una simulazione predittiva posteriore. L'accuratezza dell'inferenza filogenetica bayesiana con dati molecolari ha dimostrato di dipendere dall'uso di modelli adeguati di evoluzione della sequenza. Durante la scelta del modello migliore disponibile da un pool di alternative è diventato pratica standard in filogenetica statistica, la valutazione dell'adeguatezza del modello scelta è rara. I programmi per l'inferenza filogenetica bayesiana hanno recentemente iniziato a implementare modelli di evoluzione della sequenza che rappresentano l'eterogeneità nel processo attraverso i siti, ma non esiste alcun programma per valutare l'adeguatezza di questi modelli. PUMA implementa un approccio di simulazione predittivo posteriormente per valutare l'adeguatezza dei modelli partizionati, non accompagnati e di miscelazione dell'evoluzione della sequenza del DNA in un contesto bayesiano. La valutazione dell'adeguatezza del modello consente ai filyogeneticisti empirici di avere una fiducia appropriata nei loro risultati e guidano gli sforzi dei filonetisti teorici nel migliorare i modelli di evoluzione della sequenza.

Puma Software correlato