 | PalmaMRNA a allineamenti genoma utilizzando grandi algoritmi di margine |
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Palma Classifica e riepilogo
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- Licenza:
- GPL
- Prezzo:
- FREE
- Nome editore:
- Friedrich Miescher Laboratory
- Sito web dell'editore:
- http://www.fml.tuebingen.mpg.de/fml
- Sistemi operativi:
- Mac OS X
- Dimensione del file:
- 4.4 MB
Palma Tag
Palma Descrizione
Allineamenti di mRNA a genoma utilizzando grandi algoritmi di margine Palma allinea due sequenze genomiche in modo ottimale secondo il suo algoritmo sottostante e parametri formati. Lo script principale Python prende due file FASTA contenenti il bersaglio (ad esempio una sequenza di DNA, parte del genoma) e sequenze di query (ad esempio una sequenza cDNA o EST). Palma crea un allineamento utilizzando la programmazione dinamica (scritta in C ++) e restituisce l'allineamento in un formato simile a PSL. Gli algoritmi saranno quelli che calcoleranno allineamenti locali ottimali, quindi se nessun allineamento è stato trovato è perché nessun allineamento ha ottenuto un punteggio di allineamento sufficientemente elevato. Requisiti: · Shogun. · Python.
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