Molekel. Un'applicazione di visualizzazione molecolare gratuita e open source per il tuo Mac
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Molekel. Classifica e riepilogo

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Molekel. Descrizione

Un'applicazione di visualizzazione molecolare gratuita e open source per il tuo Mac MOLEKEL è un programma di visualizzazione molecolare multi-piattaforma facile da usare e gratuito. Ecco alcune caratteristiche chiave di "MOLEKEL": · Leggi i dati molecolari da diversi formati di file · Molecole di visualizzazione con stili diversi: spacefill, palla e bastone, palla e filo, bastone, backbone (residui), nastro (residui), schematico (residuo) · Modificare la dimensione dell'atomo e del legame · Leggi i colori Atom dal file · Visualizza il momento del dipolo (per formati molecolari contenenti queste informazioni) · Animare gli atomi utilizzando le informazioni di traiettoria e vibrazione disponibili in alcuni formati di file · Animazione delle molecole Leggi dai file PDB e XYZ multi-frame · Display frecce per mostrare la velocità e la direzione del movimento di ciascun atomo animato · Animare superfici molecolari (mentre esportano l'ammimazione) · Eseguire la distanza e (diedral) compultazioni angolari · Utilizzare una sonda planare per visualizzare i campi scalari (ad esempio potenziale elettrostatico) e visualizzare il valore del campo scalare in un punto specifico nello spazio 3D. · Visualizzare le superfici orbitali molecolari opzionalmente codificate a colori con il potenziale elettrostatico. · Visualizzare le superfici generate dalla matrice di densità facoltativamente codificata a colori con potenziale elettrostatico. · Visualizza le superfici dai dati della griglia (in formato Gaussian Cube o leggere da file ADF Tape41) facoltativamente codificato a colori con potenziale elettrostatico. · Superfici lisce generate da dati griglia (gaussiano .Cube) con levigatura laplaciana · Utilizzare i dati della griglia Leggi da file .Cube come potenziale elettrostatico molecolare per mappare su superfici SAS e SES · Computa la superficie accessibile del solvente come ISO-superficie opzionalmente codificata a colori con potenziale elettrostatico. · Computa e visualizza la superficie esclusa solvente, opzionalmente usando M.F. Il programma MSM di Sanner (altamente raccomandato), prendilo qui · Esportare la molecola in un numero di formati di file molecolari · Esporta in POV (sperimentale, tramite OpenBabel) · Esportare in TIFF, PNG, PostScript e PDF · Supporto programmabile Shaders (GLSL) · Visualizzazione degli spettri di radiazione (infrarossi e Raman) · Rendering multi-pass di alta qualità con anti-aliasing e rendering corretto di superfici trasparenti multistrato · Fusione delle modalità vibrazionali Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Aggiunto supporto per la peeling della profondità per il corretto rendering di oggetti trasparenti; Richiede una scheda OpenGL 2.0 e potrebbe non funzionare correttamente su alcuni sistemi. Profondità Peeling Parametri che influenzano la velocità di rendering / la qualità degli oggetti trasparenti possono essere impostati tramite la finestra di dialogo Display-> Visualizza proprietà. · Aggiunta trama di spettri a infrarossi e raman con uscita PostScript e PDF · Integrato con VTK 5.1 (versione CVS poiché non c'è ancora una versione ufficiale) · Aggiunto supporto per anti-aliasing, disabilitato per impostazione predefinita; Può essere abilitato tramite la finestra di dialogo Display-> Visualizza proprietà. · Ora è possibile modificare la trasparenza e i colori delle superfici orbitali. · Aggiunto supporto per le impostazioni persistenti nella finestra di dialogo della superficie di densità elettronica. · Aggiunti nuovi shader a raggi X che funzionano correttamente con VTK 5.1. Bug fissi: · 392 - Aggiungi supporto per l'input di gioco multi-molecola · 401 - Impossibile eliminare la superficie Connolly · 403 - Supporto della riga di comando · 404 - Errore durante la lettura dei dati orbitali molecolari · 405 - Trasparenza non coerente per entrambi i colori orbitali (dipendente dalla scheda / driver specifica) · 406 - L'animazione funziona dopo aver cancellato la molecola · 408 - Richiesta di funzionalità: avviare l'indice orbitale da zero · 420 - Impostazioni non salvate durante la chiusura della finestra · 421 - SUPERFICIE DA GRIDA DATI: TEMBRO TEMPO BASSATO · 422 - Impossibile salvare animazioni con SES trasparente

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