Modelfree. Adatto ai parametri senza modelli a tassi di rilassamento.
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Modelfree. Descrizione

Adatto ai parametri senza modelli ai tassi di rilassamento. MODELFREE è un programma progettato per ottimizzare i parametri "Lipari-Szabo Model Free" per i dati di rilassamento eteronucleare.Modelfree è un programma per adattarsi alla funzione di densità spettrale gratuita del modello esteso ai dati di rilassamento della rotazione NMR. Il programma può analizzare la costante del tasso di rilassamento della reticolazione a rotazione (R1), la costante della velocità di rilassamento della rotazione (R2) e l'effetto di overhauser del nucleare dello stato stazionario eteronucleare (NOE) per qualsiasi combinazione di 13C e 15N gira fino a cinque campi magnetici statici. L'algoritmo presuppone i meccanismi di rilassamento di ANISOTROPY (DIPOLARE e CHIMMALICI SHIFT ANISOTROPY (CSA) per R1, R2 e NOE e include un termine additivo per tenere conto dell'ampliamento dello scambio chimico di R2. Il parametro di ampliamento di Exchange viene ridimensionato quadraticamente rispetto al campo magnetico statico se sono disponibili dati per più di un campo. Le descrizioni dei principali principi utilizzati nel programma per la selezione del modello, l'ottimizzazione ed l'analisi degli errori con simulazioni di Monte Carlo sono state pubblicate in precedenza (Palmer et al., 1991; Mandel et al., 1995) .Modelfree incorpora tre modelli per la diffusione rotazionale. Il metodo Brent viene utilizzato per ottimizzare un singolo globale m per un modello di diffusione generale isotropico. Il metodo di Powell (come implementato da Brent) o un protocollo di ricottura simulato (in base al metodo Downhill Simplex) viene utilizzato per ottimizzare un tensor di diffusione rotazionale globale per un modello di diffusione assialmente simmetrico. Un tempo di correlazione rotazionale locale, mi, per ogni rotazione può essere ottimizzato da una regressione dei minimi quadrati non lineari. Altri parametri gratuiti del modello interno (parametri dell'ordine, i tempi di correlazione interna e i termini di scambio chimico) sono ottimizzati da minimi quadrati non lineari non lineari. Qualsiasi parametro può essere fissato al suo valore di input anziché ai limiti Ottimizzati ND Semplici possono essere posizionati su qualsiasi parametro. Le simulazioni del Monte Carlo sono utilizzate per stimare le incertezze nei parametri senza modelli e per eseguire la selezione del modello statistico in base ai test F. Una buona discussione introduttiva sull'uso delle simulazioni di Monte Carlo nell'analisi degli errori è data dalla stampa et al. (Premi et al., 1986). Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Supporto terminato per la piattaforma SGI. Solo Linux e Mac OSX sono attualmente supportati. · Criteri di terminazione fissa e distribuzione simulata dell'errore statistico F. · Un bug identificato da Edward D'Auvergne che ha causato l'algoritmo di minimizzazione a interrompere in modo inappropriato dopo che un passo di ottimizzazione non riuscito è stato risolto. · Un bug nel test per se i parametri limitati potrebbero essere restituiti al set attivo sono stati corretti. · Ricerca di griglia modificata in modo che i limiti superiori e inferiori esatti non siano punti di ricerca della griglia. · Il numero massimo di residui è stato aumentato a 300.

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