Macgde. A set di programmi per più allineamenti e analisi della sequenza.
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Macgde. Classifica e riepilogo

Macgde. Tag

sequenza analizzare allineamento Allineamento della sequenza analisi della sequenza analisi esterne

Macgde. Descrizione

Un insieme di programmi per l'allineamento multiplo di sequenze e analisi. MacGDE è un insieme di programmi per allineamento multiplo di sequenze e analisi. I programmi utilizzano un'interfaccia utente espandibile che consente l'aggiunta di funzioni di analisi esterne senza alcuna riscrittura del codice. Il sistema supporta diversi tipi di dati, nucleici e aminoacidi sequenze di acidi, di testo e di sequenza di mascheramento, e tre forme di evidenziazione colore. MacGDE ha diverse funzioni di analisi esterne di cui per cose come il riconoscimento di omologia, l'allineamento automatico, la ricerca e l'analisi filogenetica. Requisiti: · Ambiente a finestre X11. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Risolto l'impostazione del formato finestra in modo MacGDE non si apre più grande dello schermo di visualizzazione. · Aggiunto "menu GDE completa o di base" nel menu File in modo gli utenti potrebbero avere GDE senza tutte le aggiunte che ho fatto. Questo rimuove i menu filogenesi e un sacco di altri programmi che ho aggiunto. È possibile passare tra i due menu, ma è necessario aprire una nuova finestra GDE per vedere i cambiamenti. · Modificato il comando formato di importazione straniera in modo che solo i dati del file è portato a lasciare da solo il file originale. · Una copia del file termina con .gde non è più fatta. A ATTENZIONE ora è dato da ricordare per il nome del file con Salva con nome ... comando dopo l'importazione. Format · esteri di importazione ora riconosce i file in formato Clustal utilizzando CLUSTALW (deve essere presente) incluso con MacGDE. · Aggiunto un comando Visualizza Chromat Sequenza per visualizzare cromatogrammi in LifeTrace. Questo utilizza un pannello proprio come i comandi Apri e Importa per individuare il file e aprirlo. · Importazione Chromat e Vista Chromat Sequenza comandi ora gestiscono spazi in directory (cartella) nomi. · Ma i nomi dei file Chromat non può avere spazi. · I file di alberi DeSoete ora finiscono in .TRE così TreeView X, si aprirà direttamente. · Modificate le impostazioni Mr. Bayes MCMC per il tipo di consenso per essere "Compatibile". · Questo ora corrisponde alle impostazioni di default di Mr. Bayes e spesso aggiunge la risoluzione e il supporto ai nodi. · Nell'ambito PAUP il MultiCPU è stato modificato a 2 o 4 CPU. Poiché la maggior parte dei computer hanno ora 2 o 4 CPU · Ho cambiato le opzioni di esecuzione in modo che i bootstrap può essere eseguito automaticamente. Ho rimosso l'opzione manuale. Eventualmente, questo renderà più facile per tutti di ottenere i loro bootstrap PAUP fatte più rapidamente. · Aggiunta una funzionalità di database di sovrascrittura alla Gestisci DNA BLAST database locali e gestire i database di proteine BLAST locale sotto il menu di gestione Sequence. Questo vi permetterà di sostituire un intero database esistente. · Utile se accidentalmente aggiunto qualcosa a un database che non volevo. · Questo ha lo stesso effetto della cancellazione di seguito, la riproduzione di un database, ma solo in un unico passaggio. L'aggiunta di nuovo programma: · Parallel Mr. Bayes (filogenesi 1> MrBayes3.1.2 Run Opzioni) è possibile scegliere un processore (questo viene eseguito regolare Mr. Bayes) o 2 o 4 processori (corse pMrBayes). Avrete bisogno di essere in esecuzione Mac OS 10.5 o meglio per questo al lavoro e hanno 2 o 4 processori. · PhyML 3.0 in filogenesi 2 utilizza l'interfaccia Phylip-like. · ProtTest 2.1 sotto Phylogeny 1 · SNAP: sinonimo non sinonimo Programma di analisi sotto il menu di DNA / RNA. Questo programma calcola frequenze di sostituzione sinonimo e non sinonime basati su un insieme di sequenze nucleotidiche codone allineati. · Sinonimo o non-sinonimo Distanza Albero (SNAP) nel menu Filogenesi 2. Questo utilizza SNAP per generare un DS o matrice di distanza dn che possono essere analizzati con il programma Vicina dal pacchetto Phylip per creare alberi. Aggiornamenti ad altri programmi: · BLAST è ora alla versione 2.2.20 · CAP2 (Sequenza di gestione> Montare contigs) sarà ora mantenere il nome delle sequenze fino a 50 caratteri. · Phylip è ora alla versione 3.68

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