MacClade. MacClade - Un software progettato per l'analisi filogenetica.
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MacClade. Classifica e riepilogo

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MacClade. Descrizione

MacClade: un software progettato per l'analisi filogenetica. MacClade è un programma per computer per l'analisi filogenetica scritta da David Maddison e Wayne Maddison. La sua resistenza analitica è in studi di carattere Evolution.MacClade ha anche strumenti per la produzione di diagrammi e grafici ad albero inserendo e modificando dati e filogenies.HERE sono alcune funzionalità chiave di "MacClade": modifica dei dati · Ci sono molte modifiche all'editor dei dati di MacClade, Compresi molte nuove modalità di visualizzazione e strumenti di modifica. Alcuni di questi sono generali, ma la maggioranza è progettata per l'uso con dati di sequenza molecolare. Qui menzioneremo alcuni di questi.Display di dati · Ci sono molte opzioni per il modo in cui i dati possono essere visualizzati. Ecco due esempi. · Puoi chiedere a MacClade alle celle di dati di colore in modo che i modelli di variazione dello stato siano più evidenti. · Con i dati nucleotidici di codifica proteica, è possibile chiedere a MacClade di mostrare la traduzione di amminoacidi. Questa traduzione è "live", nel senso che modifica i nucleotidi, ad esempio attraverso l'uso degli strumenti di allineamento (vedere la sezione successiva), causare aggiornamenti immediati agli amminoacidi mostrati.Tools nell'editor · in MacClade 3, c'è Solo uno strumento disponibile nell'editor: la freccia. MacClade 4 ha una palette degli strumenti, con sequenze di 17 toolsConsensus · MacClade 4 può calcolare e visualizzare sequenze di consenso. Esistono diverse opzioni per il calcolo, consentendo a visualizzare sequenze di consenso di variazioni variabili. · Elenco Windows e la selezione e la manipolazione degli oggetti · In MacClade 3, c'è una finestra di stato del carattere che elenca i caratteri e le loro varie proprietà. Questa è la finestra in cui è possibile modificare i pesi e i tipi di un personaggio. In MacClade 4, la finestra dell'elenco dei caratteri è stata molto migliorata, e ora ci sono anche finestre equivalenti per taxa, alberi, set di pesi, set di set, set di inserimento, set di caratteri e set di taxoni. In queste finestre è possibile rinominare, riordinare, eliminare e modificare questi oggetti. INTERTAZIONI CON PAP · Ci sono una serie di funzioni aggiunte a MacClade 4 per migliorare le interazioni tra PAUP e MacClade. Ecco tre esempi: Nexus Block Management · Ora puoi manipolare vari blocchi Nexus contenuti nel file di dati, inclusi i blocchi PAUP. Ciò consente a uno di modificare comandi che PAUP elaborerà quando esegue il file. Alberi.Costrazione · È possibile chiedere a MacClade di salvare l'albero sullo schermo come albero vincolo. Se lo fai, salvare il file in MacClade, quindi riprenderlo in PAUP *, il vincolo sarà disponibile per l'uso con i comandi di ricerca e filtraggio di PAUP.Decay Indice · Mentre MacClade 4 non calcola gli indici di decadimento (valori di supporto Bremer ) stesso, creerà un file PAUP contenente i comandi di testo necessari per calcolare i valori dell'indice di decadimento di tutti i cladi sull'albero nella finestra dell'albero di MacClade. Se si esegue questo file in PAUP, PAUP eseguirà tutte le ricerche pertinenti per calcolare gli indici di decadimento. Limitazioni: · Salva disabilitato Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Mostrando il numero di incertezze o polimorfismi nella finestra dell'elenco dei taxoni.

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