Lammps. Simulatore parallelo ad ampia scala portatile / molecolare su larga scala
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Lammps. Classifica e riepilogo

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simulare modello modellatore Atom Modeller. simulatore di particelle Simulatore molecolare

Lammps. Descrizione

Simulatore parallelo ad ampia scala portatile / molecolare su larga scala / molecolare Lammps è un codice MOLECLAR Dynamics (MD) classico. Come suggerisce il nome, è progettato per funzionare bene su macchine parallele, ma funziona anche su macchine desktop single-processor. Lemming sono molto portatili. Dovrebbe costruire su qualsiasi piattaforma con un compilatore C ++. Il compilatore GNU G ++ o i compilatori commerciali funzionano bene. Lammps è stato costruito per diverse macchine parallele e desktop, che eseguono varianti Mac OS X, Unix o Linux.Lammps ha potenziali per materiali morbidi (biomolecole, polimeri) e materiali a stato solido (metalli, semiconduttori) e sistemi grossolani. Può essere utilizzato per modellare gli atomi o, più genericamente, come simulatore particella parallelo ai livelli di mescala o continuum.Lampps funziona su macchine a processore singolo o in parallelo utilizzando tecniche di passaggio del messaggio e una decomposizione spaziale del dominio di simulazione. Il codice è progettato per essere facile da modificare o estendere con nuove funzionalità. Ecco alcune caratteristiche chiave di "Lammps": · Funziona su un singolo processore o in parallelo · Parallelismo dei messaggi di memoria distribuita (MPI) · Decomposizione spaziale del dominio di simulazione per il parallelismo · Distribuzione open source · C ++ altamente portatile · Biblioteche opzionali necessarie: FFT MPI e Single-processor · In parallelo, eseguire una o più simulazioni contemporaneamente · Facile da estendere con nuove funzionalità e funzionalità · Atomi, polimeri, molecole, metalli, particelle granulari, particelle a grana grossa, ellissoidi ,poli o combinazioni ibride di questi · Potenziali a coppie: Lennard-Jones, Buckingham, Morse, Yukawa, Soft, Class 2 (Bussola), tabulated · Potenziali a copricapore: Coulombic, Point--pole · Possibilità di molti potenziali: EAM, Finnis / Sinclair EAM, Eam modificato, EAM (MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, Ai-Rebo · Possibilità di grano grossolano: granulare, DPD, Gayberne, colloidale · Potenziali obbligazionari: armonica, Fene, Morse, Non lineare, Classe 2, Quartico (Breakble) · Potenziali angolari: Armonica, Charmm, Coseno, Coseno / Quadrati, Classe 2 (Bussola) · Potenziali diedril: armonica, charmm, multi-armonica, helix, classe 2 (bussola), opls · Potenziali impropri: armonica, cvff, classe 2 (bussola) · Potenziali ibridi: più paia, legame, angolo, dihedral, potenziali impropri possono essere utilizzati in una simulazione · Potenziali sovrapposti: sovrapposizione di potenziali di più paia · Potenziali polimeri: Atomo, Atomo, Atomo, Bead-Spring, Breakble · Potenziali dell'acqua: Tip3P, Tip4P, SPC · Potenziali solventi impliciti: lubrificazione idrodinamica, debye · Coulombsici e dispersione a lungo raggio: Ewald, PPPM (simile a Particle-Mesh Ewald), Ewald / N per Longange range Lennard-Jones · Charmm, Amber, compatibilità del campo di forza OPLS · Sistemi 2D o 3D · Domini di simulazione ortogonale o non ortogonale (simmetria triclinica) · Companti integratori NVE, NVT, NPT, NPH · Opzioni termostati per gruppi e regioni geometriche degli atomi · Controllo della pressione tramite naso / Hoover Barostatting in 1 a 3 dimensioni · Deformazione della scatola di simulazione (tensione e taglio) · Forze vintriche armoniche (ombrello) · Integrazione del corpo rigido indipendente o accoppiato · Scuotere il legame e i vincoli angolari · Pareti di vario genere · Vincoli dinamiche molecolari mirate (TMD) · Dinamica molecolare non equilibrio (nemd) · Varietà di ulteriori condizioni di confine e vincoli · Integratore Velocity-Verlet · Dinamica browniana. · Minimizzazione energetica tramite rilassamento coniugato-gradiente · TimeSpeping gerarchico Rrespa · Temperatura parallela (scambio di replica) · Eseguire più simulazioni indipendenti contemporaneamente · File di registro delle informazioni termodinaniche · File di dump del testo di coordinamenti di atomo, velocità, altre quantità per-atomo · File di riavvio binario · Quantità per atomo (energia, stress, parametro centro-simmetria, ecc.) · Calcoli di sistema (file di registro) definiti dall'utente o per Atom (file Dump) · Media spaziale e temporale delle quantità per-atomo · Media temporanea delle quantità a livello di sistema · Snapshot atom in formato nativo, xyz, xtc, dcd Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Nuova versione di Lammps (versione C ++). 138.720 Linee di codice in SRC dir con tutti i pacchetti inclusi (ma nessun file di origine della libreria). · IMPORTANTE: la sintassi dei seguenti comandi è cambiata: Pair_Style Gran / Hooke, Pair_Style Gran / Hooke / Storia, Pair_Style Gran / Hertz / Storia e Special_bonds. La parola chiave "tag" nel comando Dump personalizzato è stata modificata in "ID". L'impostazione predefinita per specificare gli spessori di livello nel comando fisso AVE / Spatial è stato modificato da Box Unità alle unità di reticoli.

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