Kegg2sbml. Utility della riga di comando può convertire i file del database di Kegg Pathway in SBML
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Kegg2sbml. Classifica e riepilogo

Kegg2sbml. Tag

convertitore convertire conversione convertire KEGG Conversione KEGG SBML Converter.

Kegg2sbml. Descrizione

L'utilità della riga di comando può convertire i file del database di Kegg Pathway in SBML Kegg2sbml può convertire i file di database Kegg (Enciclopedia di Kyoto di Genes and Genomes) su SBML utilizzando il database Kegg Ligand. Le funzionalità di Kegg2SBML sono attualmente limitate alla conversione solo dei file di percorso metabolici Kegg e non altri tipi di file Kegg.Kegg2SBML può convertire il database del database di Kegg Pathway 46.0 o successivo. (I rilasci passati del database di Kegg Pathway non sono stati testati e non possono essere convertiti da kegg2sbml.) Tagg2sbml può generare SBML Livello 2 versione 2 e livello 2 versione 3 senza annotazioni utilizzate da CellDesigner e livello 1 e livello 2 (versione 1), con o senza annotazioni.Nota: Kegg2SBML è concesso in licenza e distribuito sotto i termini della libreria GNU o minori Licenza pubblica Generale (LGPL). Cosa c'è di nuovo in questa versione: Modifiche nel Parsing Kegg Pathway: · La versione del database del percorso Kegg è possibile convertire la versione 46.0 o successiva. (I rilasci passati del database di Kegg Pathway potrebbero non essere convertiti da tag2SBML versione 1.5.0.) · Un altro file di formato (* .coord) è supportato · Anche il file di formato esistente (* .conf) è supportato anche. -o opzione può essere utilizzato per utilizzare esplicitamente questo formato. · * Il file .coord è analizzato invece di file * .conf per impostazione predefinita Modifiche nel Parsing Kegg Ligand: · Miglioramento delle prestazioni memorizzando una tabella hash ai file della cache e leggere questi file della cache anziché analizzare i file di database di Lignad (circa 10 volte più velocemente per analizzare il database Ligand) Modifiche nella scrittura SBML: · SBML Livello 2 è supportata la versione 2 e il livello 2 versione 3. (Attualmente, i tag di annotazione CellDesigner non sono supportati con questo livello / versione SBML.) Opzioni aggiunte: · '-R': Parse Ligand Database Files invece di leggere file cache binari situati nella stessa directory. (Impostazione predefinita: leggi i file della cache (* .bin)) · '-O': file * .conf anziché * .coord file quando viene fornito un nome di directory come argomento o opzione -a. (Predefinito: Passe * .coord Files) · KGML non è più utilizzato da questa versione. · Altri miglioramenti e correzioni minori.

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