Jalview Un editor di allineamento multiplo gratuito scritto in Java
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Visualizza andare a prendere modificare Editor di allineamento Protein Viewer. Sequenza Fetcher.

Jalview Descrizione

Un editor di allineamento multiplo gratuito scritto in Java Jalview è uno strumento open source utilizzato ampiamente in una varietà di pagine Web (ad esempio il server EBI Clustalw e il database di dominio di proteine PFAM) ma è disponibile come editor di allineamento generico. Ecco alcune caratteristiche chiave di "Jalview": Interfaccia utente: · Evidenziazione collegata del codone e dell'amminoacido dalla traduzione e dei prodotti proteici · Evidenziazione collegata alla struttura associata alla mappatura dei residui alla posizione del codone · Sequenza Fetcher fornisce numeri di adesione di esempio e pulsante "Cancella" · MemoryMonitor aggiunto come opzione sotto il menu Strumenti del desktop · Estrarre la funzione Punteggio per analizzare i dati numerici separati sparse in Descrizione linea · Le etichette di colonna nell'anntare di allineamento possono essere centrate. · Tooltip per la sequenza Associated Annotation Dare il nome della sequenza Servizi Web e URL Recupero: · Servizio Web JPRED3 · Client di ricerca sequence prototipo (non ancora servizi pubblici disponibili) · Prendi un allineamento semi o allineamento completo da PFAM · Collegamenti URL creati per i riferimenti incrociati del database corrispondente e ID sequenza · I collegamenti URL possono essere creati utilizzando le espressioni regolari Connettività del database della sequenza: · Recupero di sequenze cross-referenced da altri database · Riferimento del database generalizzato Recupero e convalida per tutti i database reticolabili · Sequenze di recupero dalle fonti DAS che supportano il comando della sequenza · Importazione ed esportazione delle righe di annotazione delle esportazioni come CSV per l'importazione del foglio di calcolo · Jalview Progetti Record Alignment Dataset Associations, prodotti EMBL e Mapping Sequence CDNA · Il colore del gruppo sequence può essere specificato nel file di annotazione · Colorazione AD-HOC del gruppo di gruppo nel file di annotazione utilizzando la tripletta RGB come nome di colourscheme · Funzionalità dei clienti VAMSAS (sperimentale) · Binding Treenodo per VAMSAS Tree Exchange · Modifica locale e aggiornamento delle sequenze negli allineamenti VAMSAS (sperimentale) · Crea nuovo o selezionare Sessione esistente per aderire · Caricare e salvare i documenti VAMSAS Linea di comando dell'applicazione: · Parametro dell'albero per aprire gli alberi (introdotto per il passaggio dall'applet) · Argomento della riga di comando Fetchfrom per specificare i nickname di server DAS da interrogare per le funzioni di allineamento · Argomento della riga di comando Dasserver per aggiungere nuovi server che vengono automaticamente interrogati automaticamente per le funzioni · Argomento della riga di comando Groovy esegue un determinato script Groovy dopo che tutti i dati di input sono stati caricati e analizzati Scambio di dati dell'applet-applicazione: · Gli alberi passati come parametri dell'applet possono essere passati all'applicazione (quando si utilizza "Visualizza in Applicazione completa") Parametri dell'applet: · Parametro di controllo del display del gruppo di funzionalità · Parametro di debug. · Parametro ShowButton. Metodi API Applet: · Metodo pubblico di Newview · Finestra (vista corrente) Metodi di ricezione / impostazione specifici · Metodi di controllo del display funzione · Ottieni la lista delle sequenze attualmente selezionate Nuove funzionalità di distribuzione Jalview: · Installanywhere Installer è stato aggiornato a IA 2008 VP1 · Il file di rilascio fornisce proprietà di build per l'ultima versione Jalview. · Java 1.1 Applet Build ha reso più facile e Donotobfuscata controlli immobiliari Esecuzione di Obfuscator · Costruisci il bersaglio per generare la distribuzione della fonte · Bandiera del debug per JAVACC · .Jalview_properties File è documentato (leggermente) in jalview.bin.cache · Integrazione continua della costruzione per la versione stabile e di sviluppo dell'applicazione, Requisiti: · Java.

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