Jaligner. L'algoritmo Smith-Waterman implementato in Java per allineamento sequenza biologico della sequenza locale
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Jaligner. Classifica e riepilogo

Jaligner. Tag

sequenza allineare allineatore Sequenza Aligner. allinea la sequenza Allineamento della sequenza

Jaligner. Descrizione

L'algoritmo Smith-Waterman implementato in Java per allineamento sequenza biologico della sequenza locale Jaligner è un'implementazione Java open source dell'algoritmo Smith-Waterman con il miglioramento di Gotoh per l'allineamento della sequenza locale biologico della sequenza locale utilizzando il modello di rigore affine gap. Ecco alcune caratteristiche chiave di "Jaligner": · La complessità spaziale per eseguire la programmazione dinamica con i principali punteggi di somiglianza matrice e le 2 matrici di lacune ausiliarie sono ridotte da O (m? N) a O (n), dove M e N sono le dimensioni della sequenza verticale e della sequenza orizzontale rispettivamente, utilizzando sufficienti array monodimensionali di dimensioni n invece degli array bidimensionali originali delle dimensioni m? n. · La matrice bidimensionale delle dimensioni m? N, per tenere le direzioni della traceback (diagonale, sinistra, up e stop), è mappata in una matrice singola dimensionale di dimensioni m? N. Questo approccio accelera il processo di assegnazione della memoria perché la macchina virtuale Java (JVM) tenta di allocare una matrice singola dimensionale di M? N "byte" (tipo di dati primitivo), invece di tentare di allocare un array di M "oggetti" , ognuno dei quali è un "array" di n bytes. · Oltre alle matrici del punteggio già incluse, che sono state raccolte dal sito NCBI, Jaligner funzionerà anche con matrici di punteggio definite dall'utente. · È facile da usare Jaligner attraverso un'interfaccia utente grafica amichevole (GUI), la semplice sintassi della riga di comando o l'interfaccia dell'applicazione di programmazione riutilizzabile (API).

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