Genesi Un pacchetto Java indipendente da piattaforma di strumenti per visualizzare e analizzare simultaneamente un intero set di esperimenti di espressione genica
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Un pacchetto Java indipendente da piattaforma di strumenti per visualizzare e analizzare contemporaneamente un intero set di esperimenti di espressione genica L'analisi dell'espressione genicata ad alta velocità sta diventando sempre più importante in molte aree della ricerca biomedica. La tecnologia Microarray di CDNA è un approccio molto promettente per un'analisi ad alto throughput e offre l'opportunità di studiare i modelli di espressione genica su una scala genomica. Migliaia o addirittura decine di migliaia di geni possono essere avvistati su un diapositivo di microscopio e i livelli di espressione relativi di ciascun gene possono essere determinati misurando l'intensità della fluorescenza dell'mRNA etichettato ibridati con gli array. Quindi, i microarrays possono essere utilizzati per identificare geni differenzialmente espressi in due campioni su larga scala. Oltre la semplice discriminazione dei geni differenzialmente espressi, l'annotazione funzionale (associazione di colpevolezza) o la classificazione diagnostica richiede il clustering dei geni di più esperimenti in gruppi con modelli di espressione simili. Diverse tecniche di clustering sono state recentemente sviluppate e applicate per analizzare i dati microarray. Dopo aver letto i dati da file flat, Genesis consente di generare diverse rappresentazioni grafiche dell'ibridazione, mostrando una matrice di esperimenti e geni, dove più esperimenti e geni possono essere facilmente confrontati con Gli altri rapporti.Flurescenza possono essere normalizzati in diversi modi per ottenere una migliore rappresentazione possibile dei dati per un'ulteriore analisi statistica. Abbiamo implementato algoritmi gerarchici e non gerarchici per identificare modelli di geni e espressioni espressi simili, tra cui: 1) clustering gerarchico 2) k-means 3) mappe auto organizzanti 4) Analisi dei componenti principali e 5) Supporto di 10 diversi tipi Di misurazione della distanza Le misurazioni di distanza sono state implementate, che vanno dalla semplice correlazione di Pearson a approcci più sofisticati come le informazioni reciproche. Inoltre, è possibile mappare i dati di espressione genica su sequenze cromosomiche. La flessibilità, la varietà di strumenti di analisi e le visualizzazioni dei dati, nonché la libera disponibilità alla comunità di ricerca rende questa suite software uno strumento prezioso in futuri studi genomici funzionali. Requisiti: · Java. Limitazioni: · Prova di prova di 30 giorni Novità in questa versione: · Comportamento fisso delle opzioni di colore singola / doppia · Coefficiente di opzione filtrante della variazione aggiunta · Problema con la visualizzazione dei lavori del server Genesis risolti · Numerose correzioni di bug e miglioramenti nella visualizzazione dei risultati del clustering

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