Flagdb ++. Database integrativo attorno ai genomi vegetali
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Flagdb ++. Descrizione

Database integrativo attorno ai genomi vegetali FLAGDB ++ è un visualizzatore di genoma vegetale gratuito scritto nel linguaggio di programmazione Java. I genomi degli impianti del modello vengono utilizzati come riferimenti fisici per raccogliere e unire tutte le informazioni generate e quindi ottimizzare le previsioni funzionali. In effetti, l'interpretazione biologica di grandi quantità di dati richiede la loro integrazione, organizzazione e rappresentazione visiva. Organizzare i dati intorno alle sequenze del cromosoma consente di ridurre la ridondanza delle informazioni e dei riferimenti, ma anche per studiare facilmente i concetti di sintenia e evoluzione del genoma e le relazioni tra la struttura e la funzione dei geni. È solo con questa panoramica generale che lo studio funzionale dei geni e la ricerca di ortologia saranno possibili, tenendo conto dei modelli di regolazione e dei ruoli e relazioni di geni in particolare stati fisiologici. Pertanto, l'obiettivo finale di questo progetto è quello di sviluppare un database e gli strumenti di bioinformatica associati in base all'integrazione dei dati genomici attorno a una selezione di genomi completi impianto. Requisiti: · Java 1.4 o successivo Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Aggiornamento di Arabidopsis e Genomi di riso e la loro annotazione · Integrazione del genoma di Vitis 12x e annotazione · Annotazione Eugene del genoma di Vitis · Integrazione di profili filogenetici · Nuovo Arabidopsis FST e GST · Aggiornamento di tutte le risorse del trascrizione (EST e CDNA) · Integrazione del previsto Arabidopsis Smallrna · Nuovi strumenti e interfacce dedicate alle relazioni di ortologia · Aggiornamento della localizzazione subcellulare, classificazione della famiglia genica e riferimenti incrociati

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