Cluego. Un plug-in Cytoscape che visualizza i termini biologici non ridondanti per grandi cluster di geni
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Schermo visualizzare gene Plug-in Cytoscape visualizza i geni Gene cluster.

Cluego. Descrizione

Un plug-in di Cytoscape che visualizza i termini biologici non ridondanti per grandi cluster di geni Cluego studia i cluster dei geni in una rete raggruppata funzionalmente e può essere utilizzato in combinazione con GOLorize. Gli identificatori possono essere caricati da un file di testo o in modo interattivo da una rete di cytoscape. Il tipo di identificatori supportati può essere completamente esteso dall'utente. Il cluego esegue l'analisi del cluster singolo e il confronto dei cluster. Dalle fonti di ontologia utilizzate, i termini sono selezionati da diversi criteri del filtro. I termini correlati che condividono geni associati simili possono essere fusibili per ridurre la ridondanza. La rete del cluego è stata creata con le statistiche Kappa e riflette le relazioni tra i termini basati sulla somiglianza dei loro geni associati. Sulla rete, il colore del nodo può essere commutato tra gruppi funzionali e distribuzione di cluster. I grafici di CLUEGO stanno sottostando la specificità e gli aspetti comuni del ruolo biologico. Il significato dei termini e dei gruppi viene calcolato automaticamente. CLUSEGO è facile aggiornabile con i file più recenti dei requisiti di ontologia genica: · Java.

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