Browser Plum. PLUM Browser - Visualizza graficamente i peptidi identificati in un esperimento di spettrometria di massa
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Visualizza domanda ordinare Viewer peptide. interrogazione peptidica ordina le proteine

Browser Plum. Descrizione

Plum Browser - Visualizza graficamente i peptidi identificati in un esperimento di spettrometria di massa Il browser PLUM è progettato per visualizzare graficamente i peptidi identificati in un esperimento di spettrometria di massa mediante la posizione nella sequenza delle proteine derivate da.Plum Browser è anche usato per interrogare per impostare i peptidi dalla loro composizione di amminoacidi e le loro posizioni relative l'una all'altra .Oniginally, il browser Plum è stato sviluppato per Bimm 185, che è una classe di costruzione di strumenti di bioinformatica a livello senior a UCSD.Hhere sono alcune funzionalità chiave di "Plum Browser": · Ordinamento: è possibile ordinare i peptidi e le proteine con un solo clicking qualsiasi intestazione del titolo nel tavolo peptide e proteina. Fare nuovamente clic per invertire l'ordinamento. · Copia layout negli Appunti: fare clic con il pulsante destro del mouse sulla casella del browser e selezionare "Copia negli Appunti" per ottenere il contenuto HTML della casella del browser · Elimina set di dati / sottoinsiemi: Nei dati -> Seleziona schermo, Puoi fare clic con il pulsante destro del mouse e selezionare Elimina. Si noti che se si elimina un set di dati che un sottoinsieme si basa, quindi non funzionerà più! · Visualizza l'ultimo testo della query: la query -> voce di menu informazioni per visualizzare il testo della richiesta di query più recente.requirements: · Java 1.5 o questioni in seguito: · A volte, subito dopo aver importato alcuni dati, il testo dell'intestazione della colonna della tabella peptide si sposta a sinistra mentre il programma rimane aperto. Se non si esegue l'importazione per primo, questo turno non si verifica. · C'è un supporto molto limitato per più set di dati contenenti gli stessi nomi geni e gli stessi peptidi. C'è la logica che mostrerà correttamente i peptidi nel browser, ma non c'è un supporto corretto per interrogare o segnalare più peptidi. Quindi, gli utenti sono invitati a non utilizzare questo software per confrontare più corse dello stesso proteoma (cioè avendo lo stesso set di nomi geni).

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