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App Cross-Platform per analisi McMC Bayesian delle sequenze molecolari Bestia (Alberi di campionamento dell'analisi evolutiva bayesiana) è un'applicazione gratuita e open source per l'inferenza evolutiva da sequenze molecolari.Beast è un'applicazione multipiattaforma per l'analisi McMC Bayesian delle sequenze molecolari. La bestia è interamente orientata verso la filogenia radatata del tempo dedotti utilizzando modelli di orologio molecolare severi o rilassanti. Possono essere utilizzati come metodo per ricostruire fylogenies, ma è anche un quadro per testare ipotesi evolutivi senza condizionamento su una sola topologia ad albero. Beast usa MCMC in media sopra lo spazio dell'albero, in modo che ogni albero sia ponderato proporzionale alla sua probabilità posteriore. Ecco alcune caratteristiche chiave di "Beast": · Modelli di orologi molecolari a tariffa costante. · Questo è il modello predefinito. L'albero può essere calibrato specificando un tasso di mutazione. · Modelli di orologio molecolare della velocità variabile (rilassati). · Implementa i modelli di orologio rilassanti non correlati di Drummond, Ho, Phillips e Rambaut (2006, Biologia Plos) vedi sotto per la citazione completa. · Stime della data di divergenza. · Le date di divergenza per specifici antenati comuni più recenti (MRCA) possono essere stimati. · Sequenze non contemporanei (! TipDate) Modelli di orologio molecolare. · Quando le differenze nelle date associate alle sequenze comprendono una percentuale significativa dell'età dell'intero albero, queste date possono essere incorporate nel modello che fornisce una fonte di informazioni sulla velocità di sostituzione. · Eterogeneità del modello di sostituzione attraverso i siti. · I diversi modelli di sostituzione possono essere specificati per diversi set di siti. Ad esempio, ogni posizione di codone può essere consentita una diversa matrice di sostituzione e un modello gamma di eterogeneità del tasso. · Specifica del modello flessibile. · Il formato del file delle specifiche del modello consente una notevole flessibilità. Ad esempio, è possibile specificare che ogni posizione di codone ha un tasso diverso, un grado diverso di eterogeneità del tasso ma lo stesso rapporto di transizione / transversitorrio. · Gamma di modelli di sostituzione. · Bestia (Alberi di campionamento dell'analisi evolutiva bayesiana) è un'applicazione gratuita e aperta per l'inferenza evolutiva da sequenze molecolari. · Scelta flessibile di priori sui parametri. · Qualsiasi parametro può essere dato prima. Ad esempio, l'età della radice dell'albero può essere data un'esponenziale prima di una determinata media. · Modelli coalescenti di dimensioni e crescita della popolazione. · È possibile utilizzare vari modelli di crescita della popolazione coalescente. Attualmente, le dimensioni costante e la crescita esponenziale sono disponibili ma più verrà aggiunta presto. Questi modelli fungono fondamentalmente come priori di età dei nodi nell'albero, ma i parametri (dimensioni della popolazione e tasso di crescita) possono essere campionati e stimati. · Modelli coalescenti multi-locus. · Si possono dare due geni non collegati allo stesso modello di popolazione coalescente, ma un diverso processo di sostituzione e un albero di sostituzione, consentendo la produzione di inferenza coalescente multi-locus. · Modelli di orologi molecolari dell'orologio locale. · Consentire diversi cladi nell'albero di avere tassi diversi (o infatti, processi di sostituzione completamente diversi). Cosa c'è di nuovo in questa versione: Nuove caratteristiche: · Versioni GUI di Beast mostra una finestra di dialogo per impostare varie opzioni che sono altrimenti disponibili solo in linea di comando. Correzioni di bug: · Edizione 55: il registro dello schermo MCMC non funziona attualmente. · Edizione 70: Bellezza e partizione in posizioni di codone · Edizione 72: Beauti dovrebbe limitare i parametri del modello GTR del limite · Edizione 122: Ctrl-A in Beautsi -> Eccezione · Problema 127: Beautti Pannello precedente, superiore superiore e inferiore non mostra · Infinito. · Problema 128: Beauti: l'albero prima la crescita logistica non è disponibile per · calibrazione · Problema 146: Beauti: Binary Covarion Model · Problema 169: Modifica del nome del nome del file in Beautti causa l'inserimento · Puntare per saltare alla fine · Numero 173: Beauti: Parzialmente il collegamento eccezione · Numero 181: Beauti: bisogno di miglioramento del comportamento predefinito durante l'aggiunta · Allineamento aggiuntivo dopo aver sconvolto tutto · Edizione 193: Diagnostica convergenza migliorata: calcolare dimensioni efficaci di · Funzioni combinate concatenando i campioni · Edizione 194: Beauti: ANCORAZIONE PRECEDENTE DURANTE · Problema 199: Tracer mostra solo la prima voce di file di registro quando moltiplili · Le voci hanno lo stesso nome · Problema 201: Modifica del nome del file del file nel pannello MCMC causa il punto di inserimento · Saltare alla fine · Problema 202: Costruire script che producono lezioni JDK 1.6 in modo che la distribuzione fallisca · Sulle macchine con JDK 1.5 · Numero 203: Launch4J bug che interessano il link del NucleotideLikelihoodCore.dll · Numero 204: Beauti: Albero prima Constant Dimensioni non funziona per la calibrazione del nodo · Numero 205: le informazioni Tittle scomparso nella console utilizzando finestre · Paramter per eseguire BESTIA · Numero 209: dose di agente patogeno non compilare · Numero 211: Beauti: Amino Acid modello di sito xml è sbagliato · Numero 212: BESTIA Linux Versione: necessità chmod 755 * · Numero 215: di default le allocazioni di memoria per l'imballaggio Mac sono troppo piccole · Numero 216: di default le allocazioni di memoria per l'imballaggio Linux sono troppo piccole · Numero 217: Problemi con la confezione di Mac OS X · Numero 218: le opzioni di dialogo BeastMain dando errore "Valore Ingresso illegale · Deve essere compreso tra 1 e 21.474.863,647" mila · Numero 220: Gli script della shell per lanciare BESTIA a riga di comando non possono far fronte · Con spazi nel percorso. · Issue 221: Reweight gli operatori modello di sostituzione in Beauti · Numero 222: denominazione di 'treeLikelihood' quando soltanto 1 divisorio · Numero 223: Impostare il nome del file 'operatore analisi' come un attributo · Elemento MCMC · Numero 225: TreePartitionCoalescent non è in vigore · Numero 226: I parser in release_parsers.properties devono essere aggiornati · Numero 227: Fix BeastDoc per generare tag doc per gli utenti BEAST · Numero 229: Un altro fallimento del framework di test · Numero 231: ritardare l'inizio della misurazione delle prestazioni fino a dopo · Valutazione completa · Numero 232: Mac (? Windows) versione della BESTIA chiude console in caso di errore · Numero 234: Rendere il temuto "La parte posteriore iniziale è zero" errore di un po ' · Più amichevole per il debug · Numero 236: dr.evomodel.operators.TraitGibbsOperator è duplicato con · Parser In entrambi release_parser.properties o BeastParser.java · Numero 237: Beauti: insieme taxon non la gestione delle partizioni multi-albero · Numero 238: denominazione di 'modelli', quando solo 1 partizione · Numero 240: Beauti: useAmbiguities di treeLikelihood dovrebbero essere di default · Come vero per Covarion binay · Numero 242: Beauti: creare una casella di controllo per scegliere useAmbiguities in · TreeLikelihood per i dati binari · Numero 244: URGENTE: revisione prima di default · Numero 247: Beauti: XML sbagliato nella frequecies scelta binaria EMPIRICAL · Modello COVARION · Numero 248: eccezione Beauti (* BESTIA) durante il collegamento alcuni taxa stesso per un · Modello ad albero dal dato taxa diversi in totale · Numero 250: Beauti: blocchi di allineamento sbagliate per il multi-genica nella scelta · "Creare allineamento vuoto" · Numero 253: Beauti aggiungere una finestra pop-up per verificare i priori di default quando · Cliccare Genera file BESTIA · Numero 254: Beauti generare pulsante XML dovrebbe essere disable dopo tutti i dati · Partizione rimossa · Numero 255: spegnere da AVVERTENZA parser di default per la versione rilasciata · Numero 256: Beauti: Aggiungi commento in XML "skyride.logPopSize è l'unità di registro · A differenza di altri popSize" · Numero 257: Beauti: Dati binari e partizioni multiple non genera · La siteModel correttamente · Numero 259: Beauti: Mac OS MCMC problema pannello · Numero 260: Beauti: inglese corretto · Numero 261: Errore elemento di analisi con id nullo · Numero 262: XML sbagliato di testCataclysmCoalescent.xml · Numero 264: errore di formato Numero di: ImportException

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