 | Alberobuilder3d.Una visione gratuita per le espressioni geni |
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Alberobuilder3d. Classifica e riepilogo
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- Licenza:
- GPL
- Prezzo:
- FREE
- Nome editore:
- Genome Sciences Centre
- Sito web dell'editore:
- http://www.bcgsc.ca
- Sistemi operativi:
- Mac OS X
- Dimensione del file:
- 1.3 MB
Alberobuilder3d. Tag
Alberobuilder3d. Descrizione
Una vista libera per le espressioni geni TreeBuilder3D è uno spettatore interattivo gratuito e open source che consente l'organizzazione di sage e altri tipi di dati di espressione genica come i microarrays in dendrogrammi gerarchici o reti fenetiche (il termine "fenetico" utilizzato come analisi si basa sui principi, utilizzati nell'analisi filogenetica per biologia del sistema) .TreeBuilder3D può essere utilizzato come aiuto visivo Quando si analizza le differenze nei profili di espressioni delle librerie di saggio, funge da alternativa a Venn Diagrams.Uscita TreeBuilder3D è possibile caricare i dati di espressione nel formato di file di testo normale e Costruisci un diagramma da albero ipotetico, che descrive le relazioni "evolutive" tra diversi set di dati (come le librerie di Sage). Tali diagrammi potrebbero dare un'idea sull'organizzazione gerarchica dei dati di espressione genica e consentono di associare vari profili di espressione (rappresentati da librerie di saggio o esperimenti di microarray) con diversi stati cellulari o fasi intermedi di un decesso (come il cancro). L'algoritmo di TreeBuilder3D è simile a quelli utilizzati in altri metodi di clustering, che generalmente utilizzano Pearson e altre metriche per raggruppare i profili di espressione simili. A differenza di loro, TreeBuilder3D visualizza non solo il raggruppamento ma anche le distanze relative tra i set di dati e presenta le conoscenze su come "lontano" o come i profili di espressione "vicini" siano l'un l'altro. Inoltre, poiché funziona con i dati in 3D, TreeBuilder3D rimuove in modo efficiente i vincoli dello spazio 2D, dando una possibilità di visualizzare le distanze ridimensionate correttamente tra i set di dati. Requisiti: · Java 1.4 o successivo
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