APBS. Software per valutare le proprietà elettrostatiche dei sistemi biomolecolari nanometrici
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APBS. Descrizione

Software per valutare le proprietà elettrostatiche dei sistemi biomolecolari nanometrici APBS è un pacchetto software per la soluzione numerica dell'equazione di Poisson-Boltzmann (PBE), uno dei modelli di continuum più popolari per descrivere le interazioni elettrostatiche tra i soluti molecolari nell'obiettivo salato, acqueous media.apbs è quello di valutare in modo efficiente proprietà elettrostatiche per tali simulazioni A una vasta gamma di scale di lunghezza per rendere possibile l'indagine di molecole con decine a milioni di atomi.Continuum elettrostatico svolge un ruolo importante in diverse aree di simulazione bionolecolare, tra cui: - simulazione di processi diffusionali per determinare la proteina e la proteina diffusionale -protein vincolante cinetica, - implicita dinamica molecolare solvente di biomolecole, - solvitazione e calcoli energetici vincolanti per determinare le costanti leganti di equilibrio di equilibrio delle proteine del ligando e delle proteine proteiche e gli aiuti nel design razionale del farmaco, - e gli studi di titolazione biomolecolare. Nota: APBS è concesso in licenza con licenza e distribuito sotto i termini della licenza BSD e della licenza MIT. Cosa c'è di nuovo in questa versione: NUOVE CARATTERISTICHE: · Guida per l'utente di APBS e tutorial spostati su MediaWiki · Aggiunto in supporto per OpenMPI per i calcoli paralleli · Aggiunto nel supporto della riga di comando per le richieste di lavoro opale (codice di Samir Unni) · Permesso di PathName contenente spazi nel file di input, a condizione che l'intero percorso del percorso è in virgolette ("") · Documentato 'rendy Test' e caratteristiche correlate Modifiche: · Modificato la funzione BCCALC a marciare attraverso l'array di dati linearmente quando si impostano le condizioni del contorno. Ciò rimuove la duplicazione dei punti di rete sul bordo dell'array e degli angoli. · Documentazione chiarificata sugli ID assegnati alle mappe di input, PQRS, i file dei parametri, ecc. · Tutorial aggiornato per avvisare gli spazi in APPS Percorso di Directory di lavoro in VMD; Guida per l'utente aggiornata per avvertire contro gli spazi nel percorso di installazione delle APP su Windows · 'Effettuare il test "è stato riconfigurato per eseguire prima di rilasciare l'installazione (può essere eseguito dalla directory principale) · Strumenti / visualizzazione rimossi / VMD dalla directory degli strumenti in Lieu del supporto integrato in VMD · Le lunghezze del percorso possono ora essere più grandi di 80 caratteri · Elenco paternità espanso · Aggiunto in 'Make Test-Opal' come test post installazione (Eseguire Dalla directory di installazione degli esempi) · Aggiunto ulteriori concentrazioni alla cassa di prova Protein-RNA per comprendere meglio le condizioni sperimentali utilizzate da Garcia-Garcia e Draper; Ciò migliora il contratto con i dati pubblicati Correzioni di bug: · Esecuzione di tepoloni fissi nella Guida dell'utente (Parola chiave ionica) e ha chiarito l'utilizzo delle parole chiave SMPBE · Valuta fissa nella Guida dell'utente (Writemat: Poissione -> Poisson) · Aggiornamento psize.py con patch di Robert per correggere l'assegnazione incoerente dei numeri di griglia fine in alcuni (molto) casi rari · Risolto il bug con l'assegnazione delle condizioni del contorno. Ciò potrebbe potenzialmente influenzare tutti i calcoli; Tuttavia, probabilmente ha un impatto limitato: molti casi di test hanno dato risultati identici dopo la correzione dei bug; Il più grande cambiamento di valore era <0,07%.

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