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Vai :: Termfinder. Descrizione

Vai :: Termfinder è un modulo perl che può identificare i nodi vari che annotano un gruppo di geni con un valore P significativo. Vai :: Termfinder è un modulo perl che può identificare i nodi vari che annotano un gruppo di geni con un valore P significativo. Questo pacchetto è destinato a fornire un metodo in cui è possibile determinare i valori P di un set di annotazioni P. Set di geni, in base al numero di geni che esistono nel particolare genoma (o in una distribuzione di sfondo selezionata dal genoma), e la loro annotazione e la frequenza con cui i nodi GO sono annotati attraverso il set fornito di geni. P-Value è semplicemente calcolato utilizzando la distribuzione ipergeometrica come probabilità di X o più dei geni di N con una determinata annotazione, dato che G di N ha quell'annotazione nel genoma in generale. Abbiamo scelto la distribuzione ipergeometrica (campionamento senza sostituzione) poiché è più accurato, anche se più lento da calcolare, rispetto alla distazione binomiale (campionamento con la sostituzione). Indizionata, è possibile calcolare un valore P un corretto, per correggere per più test di ipotesi. Il fattore di correzione utilizzato è il numero totale di nodi a cui l'elenco fornito dei geni viene annotato, ad eccezione di eventuali nodi che hanno solo una singola annotazione sullo sfondo, come a priori, sappiamo che questi non possono essere significativamente arricchiti. Il client ha accesso sia ai valori corretti che non corretti. È anche possibile correggere il valore P utilizzando 1000 simulazioni, che controllano la velocità di errore saggio della famiglia, utilizzando questa opzione suggerisce che la correzione Bonferroni è in realtà un po 'liberale, piuttosto che conservatori, come ci si potrebbe aspettare. Infine, il falso tasso di scoperta può anche essere calcolato. L'idea generale è che un elenco di geni potrebbe essere stato identificato per qualche motivo, ad es. Sono coregoulati e TermFinder può essere utilizzato per scoprire se alcuni nodi annotano l'insieme dei geni a un livello estremamente improbabile se i geni erano stati semplicemente selezionati a caso. Requisiti: · Perl.

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