Rdkit. Cheminformatics e software di apprendimento della macchina
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Rdkit. Classifica e riepilogo

Rdkit. Tag

apprendimento Libreria Python. macchina apprendimento automatico Cheminformatics Learning. Cheminformatics.

Rdkit. Descrizione

Cheminformatics e software di apprendimento automatico RDKIT è una biblioteca Python con strutture dati, algoritmi e script per chemminformatics. Funzionalità molecolare generali Input / output: sorrisi, mol, sdf, tdt "Cheminformatics": - Ricerca di sottostrutture con intelligenza - Sorrisi canonici - Supporto per la chiralità - Serializzazione facile (Testo della molecola) 2D Depiction (inclusa la rappresentazione vincolata) Generazione di 2D -> 3D Via Geometria a distanza Implementazione UFF per la pulizia delle geometrie Impronta digitale (luce del giorno, "Maccs", ecc.) Somiglianza / Diversità PickingGeneral Molecular Funzionalità, CNTD Analisi di subgraph / frammento Spese di Gasteiger Assegnazione a forma di forma Allineamento della molecola-molecola Trasformazioni molecolari (utilizzando Smarts) Generale "Qsar" funzionalità Libreria Descrittore molecolare: - Topologico (3, Balaban J, ecc.) - Stato elettrotopologico (Estate) - ClogP, Mr - "Moe come" Descrittori VSA - Altri Apprendimento: - Clovering - Treghi decisionali, Naïve Bayes *, Knn * * funzionale, ma non una grande implementazione - insaccatura, casuale Foreste - Infrastruttura: Divisione dei dati Trasmissione Classificazione fuori busta Modelli serializzabili Arricciature Trame di arricchimento, schermatura, ecc. Scomestruzzo strumenti linea ML / BuildComposite.py: modelli di costruzione ML / ScreenComposite.py: Modelli dello schermo ML /Enrichplot.py: Genera i dati della trama di arricchimento ML / analyzecomposite.py: analizzare i modelli (livelli del descrittore) Chem / impronte digitali / impronta digitale.py: generare 2D impronte digitali em / buildfragmentcatalog.py: analisi del caso di tipo con un catalogo gerarchico : · Python. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · La struttura della directory della distribuzione è stata modificata per effettuare l'installazione dei moduli Python RDKIT più semplici. In particolare la directory $ rdbase / python è stata rinominata in $ rdbase / rdkit e il codice Python ora si aspetta che $ rdbase sia nel tuo Pythonpath. Quando si importano moduli Python RDKIT, si dovrebbe ora fare: "Da RDKIT import Chem" invece di "import chem". Il vecchio codice continuerà a lavorare se aggiungi anche $ rdbase / rdkit al tuo Pythonpath, ma è fortemente suggerito di aggiornare i tuoi script per riflettere la nuova organizzazione. · Per i programmatori C ++: vi è un cambiamento compatibile non a rovescio nel modo in cui gli atomi e le obbligazioni sono memorizzati sulle molecole. Vedi la sezione * Altro * per i dettagli. Riconoscimenti · Kirk Delisle, Noel O'Boyle, Andrew Dalke, Peter GeDeck, fisse di bug di Bronmin Widmer · Gestione errata di 0s come cifre di chiusura ad anello (problemi 2525792 e 2690982) · Gestione errata di atomi con HS esplicito nelle reazioni (numero 2540021) · SmilesMolsupplier.getItemText () Crash (numero 2632960) · Gestione errata delle separazioni DOT in Smart di reazione (numero 2690530) · Linee cattive di carica in Blocks mol per grandi molecole (numero 2692246) · Ordinare dipendenza da AssegnaTomchiRataltagsFromStructure (numero 2705543) · Ordinare la dipendenza nel codice PharmaCophore 2D · Gli stratificatiFingerprints ora maneggia correttamente legami non aromatici singoli tra gli atomi aromatici. Nuove caratteristiche · Implementazione BRICS. · Attuazione delle impronte digitali morgan / circolari · Il codice PharmaCophore 2D utilizza ora i file standard RDKIT FDEF. · Le informazioni di parità di atomo in CTABS ora scritte e lette. Se presente sulla lettura, le bandiere di Atom Parità sono memorizzate nella proprietà atomica "Molparità". · Un argomento "Fromatoms" opzionale è stato aggiunto alle coppie di atomo e alle impronte digitali torsioni topologiche. Se questo è fornito, solo coppie di atomi compresi gli atomi specificati o le torsioni che iniziano o terminano agli atomi specificati, saranno incluse nell'impronta digitale. · La kekulizzazione è ora facoltativa durante la generazione di ctab. Poiché la specifica MDL suggerisce che non viene utilizzata obbligazioni aromatiche, ciò è principalmente destinato ai fini del debug. · La funzione RemoveSereCheMistry () (RimoveSereochimica () da Python) è stata aggiunta per rimuovere tutte le informazioni stereochimiche da una molecola. Altro · La funzionalità GUI basata su QT3 in $ RDBASE / RDKIT / QTGUI e $ RDBase / Progetti / SDView è deprecata. Dovrebbe ancora funzionare, ma verrà rimosso in una versione futura. Si prega di non costruire nulla di nuovo su questo quadro (molto vecchio e scricchiolante). · La funzione DaylightfingerPrintMol () è ora deprecata, utilizzare invece rdkfingerprintmol () (). · Per i programmatori C ++: i metodi Romol GetatompMap () e GetBondPMap () sono stati rimossi. Le molecole stesse ora supportano un metodo operatore [] () () che può essere utilizzato per convertire iteratori del grafico (ad es. Romolo: Edge_iterator, Romol :: Vertex_iterator, Romol :: adjacency_iterator) agli atomi e alle obbligazioni corrispondenti. Nuova API per looping sui legami di Atom: ... Molptr è un Romolo Cost ... ... ... ATIMTR è un Atom Const * ... Romol :: Oedge_iter Beg, End; Boost :: Legame (Beg, End) = Molptr-> Getatombonds (Atomtr); while (beg! = End) {Const Bond_sptr Bond = (* molptr) ; ... Fai qualcosa con il legame ... ++ implorare; } Nuova API per looping sugli atomi di una molecola: ... Mol è un Romolo ... Romol :: Vertex_iter Atbegin, Atend; Boost :: Lega (ATBEGIN, Atend) = MOL.Geggettizie (); while (atbegin! = atenend) {atom_sptr at2 = mol ; ... Fai qualcosa con l'atomo ... ++ ATBEGIN; }

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