RFLP Planner. RFLP Planner è uno strumento che aiuta a pianificare un esperimento RFLP.
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RFLP Planner. Classifica e riepilogo

RFLP Planner. Tag

mirino applicazione perl Restrizione RFLP Planner. enzimi di restrizione enzimi

RFLP Planner. Descrizione

RFLP Planner è uno strumento che aiuta a pianificare un esperimento RFLP. RFLP Planner è uno strumento che aiuta a pianificare un esperimento RFLP: trova enzimi di restrizione che tagliano una serie di sequenze di DNA omologo in modi diversi e simula l'immagine gel-elettroforesi risultante. Il programma ti aiuta a trovare gli enzimi di restrizione cruciali che caratterizzano la popolazione. Con la simulazione dell'elettroforesi è facile scegliere gli enzimi di restrizione che mostrano il miglior polimorfismo sul gel.an La parola chiave importante è la biodiversità. Ciò sono alcune caratteristiche chiave di "Planner RFLP": · Simulazione di Gelimages (PNG): ogni sequenza un'immagine . Ogni immagine con un marker di peso molecolare. Ogni slot di enzima di restrizione uno slot. · La valutazione viene eseguita con l'intero database enzimatico di restrizione Bioperl, ma anche gli enzimi desiderati possono essere aggiunti (enzymename o restrizione ^ sito) · ISOSHIZOMER non vengono utilizzati per i calcoli (ma appaiono nei frammenti risultanti.txt) · Le sequenze possono essere tagliate alla stessa lunghezza o no, ma per il gelimage vengono utilizzate le sequenze originali · Le bande di marcatore di peso molecolare desiderate possono essere etichettate · Opzione per etichettare le immagini (con nome sequenza) · Sono supportati molti diversi formati di in-output e di uscita diversi (Bioperl) · Abordare il programma per tagliare sequenze di primer di un gruppo di sequenze: 1. In una sequenza sequestrare la sequenza di primer manualmente2. Importa tutte le sequenze (Fasla) 3. Scegliere: Trimm = 1, allineed_Format = 'Fasta' · Automatico Rimuovi sequenze di allineamento errato · Scopri la gamma di enzimi di restrizione cercati (4, 6, .. -BP Cutter) · Sequenze di complemento inverso automatico (non funzionano per una grande quantità di SEQ; Se non funziona Prova con meno sequenze, l'allineamento Exoprt in FastA, unire nuovamente tutte le sequenze, calcola il tutto) Requisiti: · Perl · Bioperl · GD-Library · Termine :: AnsicolorWhat è nuovo in questa versione: · Possibilità di scegliere la cartella di uscita Dove verranno memorizzati tutti i file · Se i file di scrittura falliscono, il messaggio in cui altro sono memorizzati · TextFile con frammenti enzimi ha un bel timestamp "umaneadable". · Il file frammenti enzimi è formattato ora utilizzando gli spazi invece di schede -> questo rende più facile Leggi in Editor di testo, ma più difficile da informi alle tabelle.

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