Pipeline centrale delle strutture di proteomica Una pipeline per l'analisi dei dati proteomici MS / MS
Scarica ora

Pipeline centrale delle strutture di proteomica Classifica e riepilogo

Pipeline centrale delle strutture di proteomica Tag

analizzatore Analizzatore dei dati tubatura Dati proteomici Proteomica accademica proteomico

Pipeline centrale delle strutture di proteomica Descrizione

Una pipeline per l'analisi dei dati proteomici MS / MS Proteomica centrale Le strutture condutture (CPFP) è una pipeline per l'analisi dei dati proteomici MS / MS, destinati alle esigenze delle strutture principali di proteomica accademica. La condotta utilizza più motori di ricerca e gli strumenti Trans Proteomic Pipeline (TPP) per fornire una ricerca facile e robusta, la convalida e la quantificazione dei set di dati proteomici LC-MS / MS.Il CPFP attualmente supporta le ricerche con Mascot (Matrix Science), tandem (nativo e k-Punteggio) e Omssa. Un singolo modulo consente l'invio a tutti e tre i programmi, senza la necessità di creare file dei parametri e di riconciliare differenze nelle specifiche di modifica, ecc. L'elaborazione viene eseguita utilizzando lavori su un cluster Gridengine, consentendo che la pipeline venga ridimensionabile facilmente come il volume dei dati a essere analizzato aumenti ItaQ e Isotope ha etichettato la quantizzazione (Silac / pesante dimetil / Icat) può essere eseguita all'interno del pipeline.cpfp è stato scritto presso l'Università di Oxford dove è attivamente sviluppato, e utilizzato quotidianamente per supportare le esigenze della struttura principale di Oxford. Viene rilasciato qui come software open source sotto la licenza CDDL.

Pipeline centrale delle strutture di proteomica Software correlato