Pathvisio. visualizza facilmente e modifica i percorsi biologici
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Pathvisio. Descrizione

Visualizza facilmente e modifica i percorsi biologici Pathvisio è un'applicazione per la visualizzazione e la modifica di percorsi biologici. In un senso pathvisio ti consente di disegnare percorsi come faresti in qualsiasi programma di disegno, come PowerPoint o Photoshop. Ma la differenza è che Pathvisio può capire il contesto biologico di un percorso, perché è possibile collegare entità biologiche (geni o proteine) nei tuoi percorsi ai dati biologici utilizzando i identificatori del database. Ciò ti consente di mappare i dati sperimentali (ad es. Dati microarray) e visualizzare In cima al disegno del percorso. Nota: la mappatura dei dati sperimentali non è ancora una caratteristica di PathVisio 1.1, ma è possibile farlo in combinazione con Genmapp o con plug-in aggiuntivi per PathViscisio). Ecco alcune caratteristiche chiave di "Pathvisio": Creare un nuovo percorso: · Creare un nuovo percorso premendo Ctrl + N o selezionando il file> Nuovo. Un'area di disegno in bianco si aprirà dove è possibile iniziare a modificare il percorso. Per salvare un percorso, fare clic su Ctrl + S o selezionare File> Salva. Aprire un percorso esistente: · Aprire un file di percorso esistente premendo Ctrl + O o selezione del file> Apri. Un browser di file si aprirà dove è possibile accedere al file di percorso desiderato. Ricerca di percorsi: Pathvisio ti consente di cercare percorsi che contengono un determinato prodotto genico. Puoi cercare percorsi in due modi: · Simbolo del gene (nome genico) · Identificatore genico (come definito nel database del sinonimo) Cerca per simbolo genico: · Questo metodo cerca per tutti i percorsi contenenti uno o più prodotti genici per i quali il simbolo del gene contiene il testo di ricerca specificato. Per trovare solo i prodotti genici in cui il simbolo corrisponde esattamente al testo di ricerca, aggiungi "" prima e dopo il testo (ad esempio "TP53" per cercare corrispondenze esatte di "TP53"). · Per avviare la ricerca, vai alla scheda Search Pathway nel pannello laterale o selezionare Modifica> Percorsi di ricerca. Nell'interfaccia di ricerca, selezionare Simbolo nella ricerca per elenco a discesa. · Digita il simbolo del gene che si desidera cercare nel campo del testo simbolo. · Scegliere la directory Directory che si desidera cercare (le Directory saranno incluse) utilizzando il pulsante Sfoglia. · Fare clic sul pulsante Cerca per avviare la ricerca. Cerca per identificatore genico: · Questo metodo cerca tutti i percorsi contenenti uno o più prodotti geni che corrispondono all'identificatore indicato. I prodotti genici collegati tramite riferimenti incrociati nel database sinonimo sono anche inclusi. · Per avviare la ricerca, vai alla scheda Ricerca nel pannello laterale o selezionare Modifica> Percorsi di ricerca. Nell'interfaccia di ricerca, selezionare ID nella ricerca per la ricerca dell'elenco a discesa. · Digita l'identificatore genico che si desidera cercare nel campo di testo ID. · Scegliere il sistema di database L'ID appartiene a (vedere anche il collegamento ai database). · Scegliere la directory che contiene i file di percorso che si desidera cercare (le secondarie saranno incluse) utilizzando il pulsante Sfoglia. · Fare clic sul pulsante Cerca per avviare la ricerca. Navigazione Risultati della ricerca: · I risultati della ricerca verranno visualizzati nel pannello laterale. La tabella dei risultati mostra percorsi che hanno uno o più prodotti geni che corrispondono al simbolo o all'identificatore cercato. Se fai doppio clic su un percorso nella tabella, Pathvisio aprirà questo percorso ed evidenzierà i prodotti geni pertinenti con un contorno verde. È possibile disabilitare questo evidenziazione mediante il controllo delle partite di evidenziazione. Requisiti: · Ambiente di runtime di Edizione standard Java 2 Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Algoritmo migliorato per connettori automatici che indicano un'ancora. · Miglioramento del disegno di tipi di freccia che hanno un breve "gap" alla fine. · Poiché il servizio di Thawte Freemail è stato cancellato, abbiamo aggiornato il nostro certificato di sicurezza · Il Viewer Storia Pathway ha avuto un bug in cui ogni linea è stata considerata modificata, anche se non lo fosse. Questo è stato risolto.

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