Pacchetto Staden. PACCHETTO STADEN è un set completamente sviluppato di assemblaggio di DNA Sequence, editing e strumenti di analisi.
Scarica ora

Pacchetto Staden. Classifica e riepilogo

Pacchetto Staden. Tag

Analizzatore dei dati sequenza montaggio Dna. Sequenza del DNA Assemblea di sequenza

Pacchetto Staden. Descrizione

Staden Package è un set completamente sviluppato di assemblaggio di sequenze DNA, editing e strumenti di analisi. Il pacchetto Stadens è un set completamente sviluppato di assemblaggio di sequenze di DNA (GAP4), montaggio e strumenti di analisi (Spin) per UNIX, Linux, Macosx e MS Windows.ON Il fronte GAP4 ci sono stati diversi piccoli collegati di unione nel modo in cui i punteggi si uniscono Inizia interni e la finzione del pulsante di allineamento nell'editor di join.Also di conseguenza a GAP4 sono le varie modifiche a IO_lib (TheLibrary per tutto I / O a vari formati di file di traccia). Con l'aggiunta di un nuovo programma hash_exp ora consente di sperimentare i file di sperimentare insieme insieme e indicizzato. L'elenco dei file di esperimento NamlessHould Stil sarà fornito a GAP4, ma a condizione che l'EXP_PATH I miglioramenti per l'interfaccia utente per questo è ancora necessario BEMADE.454 Gli archivi SFF sono ora supportati meglio. Il lavoro DFSULT 454 IndiceSnow, sebbene il programma Hash_SFFF possa essere utilizzato per fornire una strategia di indicizzazione analienti (possibilmente più veloce in alcuni casi) .GAP4 e TREV dispongono anche di un altro stile di visualizzazione di tracce per le tracce che ha 1 scansione di esempio (canali X4) per chiamata base. In questo caso, cumualmente disegna 4 valori di confidenza invece di 1 per base. Queste abilità lo consentono una migliore integrazione delle tracce Solexa quando più readilyavailable.Plus ovviamente il solito mix di correzioni di bug e minore tweaks. Vedere THEFULL CHANGE LOG per i dettagli (tramite il sito di SourceForge). Un'altra notevole modificaGap4 · Vari miglioramenti dei candidati SNP. La "correlazione offset" è ora regolabile (questo controlla il punteggio medio di correlazione necessario prima che i gruppi siano considerati per la fusione automatica). Le chiamate Base SNP ora funzionano generando un consenso piuttosto che richiedere un'identità del 100%. Ora salta sequenze contenenti una nota di riferimento. La fusione può essere forzata fino a quando il numero di gruppi è inferiore o uguale a una quantità predeterminata (NB: non di solito ideale). · I pad di shuffle ora hanno un parametro "dimensione della banda" per gli allineamenti. Anche il bug risolto in vari luoghi. · Il vecchio comando del redattore shuffle è stato sostituito da strip pad. Ora rimuove intere colonne di pads e non riesce affatto alcun movimento pad. · Il pulsante di allineatore editor di unione ora farà sempre meglio con la gestione di lunghi allineamenti nei dati ripetuti, si spera di evitare il messaggio "Troppo lungo per l'uso pratico del messaggio di programmazione dinamica" in tali casi. Ora ora ha "" Pulsanti "su entrambi i lati del pulsante" Align ". Queste ancora un'estremità dell'allineamento alla posizione di sovrapposizione corrente e quindi solo allinearsi da quel punto a sinistra o verso destra. Ciò aiuta a forzare un allineamento all'ancora in una posizione specifica che è utile quando si allineano i dati costituiti da più elementi di ripetizione. · Allineamenti trovati da Trova I join interni ora tengono conto del punteggio di allineamento oltre all'identità percentuale. Ciò significa che non sarà più una sovrapposizione di 100bp all'identità al 100% come una migliore sovrapposizione di una sovrapposizione di 2 KB a un'identità del 99% all'identità del 99%. · La finestra di navigazione Contig ha ora la pagina e la pagina di pagina in basso per la corrispondenza precedente e successiva. Ha anche la possibilità di visualizzare automaticamente le tracce alle regioni appropriate utilizzando le funzionalità di Contuig Editors "Traces Auto-Display". · La finestra "Visualizza elenco" ha ora un pulsante SAVE.Io_Lib · Nuovi programmi: Hash_Exp, Hash_SFF, Append_SFF, Estract_FastQ . · Aggiunte variabili di ambiente Trace_Path e Exp_path per utilizzare in preferenza a RawData (se definiti). · Ora utilizza libcurl invece di Wget per un recupero di traccia basato su web molto più veloce.

Pacchetto Staden. Software correlato