Cromosoma :: Mappa Genera immagini GD di mappe cromosomiche
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Genera immagini GD di mappe cromosomiche Chromosome :: La mappa è un modulo perl che può produrre file di immagine di mappa cromosomica. Può essere utilizzato per disegnare mappe genetiche o fisiche. Diverse tracce (I.e. Elenco di marcatore) può essere aggiunta alla mappa cromosomica: marcatori traccia e traccia della regione dell'intervallo QTL (vedere Sinossi). Un elenco di colori di codice è disponibile all'indirizzo http://chicken.genouest.org/documentations/chromosomemap/chrolorssynopsis #! / Usr / bin / perl -w # Questo script produce una mappa cromosomica con diversi marcatori e intervallo di intervallo QTL #. Un falso contenuto% GC viene aggiunto al cromosoma uso rigoroso; Utilizzare il cromosoma :: Mappa; My% H = (ADL120 => '25', ADL035 => '5', ADL034 => '4', MCW014 => '110', MCW123 => '89', MCW340 => '70', LEI456 => '132', Lei451 => '130', Lei452 => '130.5', Lei453 => '130.7', Lei454 => '131', Lei455 => '131.4', LEI457 => '132', MCW087 => ' 50 ', MCW012 =>' 12 ', MCW051 =>' 51 ', ADL121 =>' 26 ', ADL123 =>' 27 ', ADL123 =>' 27 ', ADL122 => '26 .2', MCW114 => '45', Lei258 => '15 ', MCW240 => '45 .1', MCW247 => '110', LEI556 => '44', MCW614 => '45 .2 ', ADL067 =>' 5.3 ', MCW140 => '45 .2', Lei056 => '45 .6 ' ,); My $ MAP = Chromosome :: Mappa-> Nuovo (-length => '140', -Name => 'GGA5', -Height => '500', -Units => 'cm',); My $ Dimensione = $ map-> get_map_size; My $ Unità = $ map-> get_map_units; Stampa "Dimensione mappa: $ Dimensione $ Unità "; My $ Mark_Track = Chromosome :: Mappa :: Track-> Nuovo (-Name => 'Markers', -Type => 'Marker',); My $ QTL_TRACK = Chromosome :: Mappa :: Track-> Nuovo ( -name => 'qtl', -type => 'intervallo',); my $ gc_track = cromosoma :: mappa :: track-> nuovo (-name => '% gc content ", -type =>' funzione ' , -display => 'relativo', -Render => 'Gradient',); # Aggiunta di binari per mappare $ map-> add_track ($ mark_track); $ map-> add_track ($ qtl_> add_track ( $ GC_TRACK); My $ NB_TRACK = $ map-> get_nb_tracks; Stampa "NB Track: $ NB_TRACK "; # Generazione di un falso elementi relativi e aggiungili in track # solo per scopi illustrativi il mio% GC; per (il mio $ i = 0; $ inew (-loc => $ NB, -Color => 'Indigo', - valore => $ GC {$ NB}, -ValueType => 'relativo',); $ GC_TRACK-> ADD_ELLEMENT ($ GC);} My @color = qw (BlueViolet Darkgoldenrod Nero Softblue Khaki Red Blue Pomodoro); foraggere i miei $ Mark (Keys% H) {My $ I = ABS (INT (RAND (RAND ($ # Colore))); My $ Marker = Chromosoma :: Mappa :: Elemento-> Nuovo (-Name => $ Mark, -loc => $ H {$ Mark}, -Color => $ Color ,); $ Mark_Track-> add_element ($ marker);} # Definisci qtl elemento my $ qtl1 = cromosoma :: mappa :: Block-> Nuovo ( -name => 'bw', -start => '3', -end => '11', -Color => 'darkgoldenrod',); my $ qtl2 = cromosoma :: mappa :: Block-> Nuovo (- nome => "grasso", -start => '92', -end => '100', -Color => 'darkgoldenrod',); my $ qtl3 = cromosoma :: Mappa :: Block-> Nuovo (-Name => 'Lean', -start => '112', -end => '120', -Color => 'Darkgoldenrod',); My $ QTL4 = Chromosome :: Mappa :: Block-> Nuovo (-Name = > 'Uovo dev', -start => '95', -end => '115',); My $ qtl5 = cromosoma :: Mappa :: Block-> Nuovo (-Name => 'IC', -start => '91', -End => '122', -COLOR => 'BlueViolet',); My $ QTL6 = cromosoma :: Mappa :: Block-> Nuovo (-Name => 'Born', -Start => '20', -End => '130',); My $ QTL7 = Chromosoma :: Mappa :: Block-> Nuovo (-Name => 'Riproduzione', -start => '20', -end => '130',); $ qtl_track-> add_element ($ qtl1); $ qtl_track-> add_element ($ qtl2); $ qtl_track-> add_element ($ qtl3); $ qtl_track-> add_element ($ qtl4); $ qtl_track-> add_element ($ qtl5); $ qtl_track-> add_element ($ qtl6); $ qtl_track-> add_element ($ qtl7); My $ PNG = $ Map-> PNG; My $ filename_png = "chr_map.png"; Aperto (PNG, "> $ filename_png") || Die "non può creare file: $ filename_png! "; BINMODE PNG; Stampa PNG $ PNG; Chiudi PNG; Requisiti: · Perl.

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