Chimica :: Midaspattern.

Seleziona atomi in macromolecole
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Chimica :: Midaspattern. Classifica e riepilogo

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  • Rating:
  • Licenza:
  • Perl Artistic License
  • Prezzo:
  • FREE
  • Nome editore:
  • Ivan Tubert-Brohman
  • Sito web dell'editore:
  • http://search.cpan.org/~itub/

Chimica :: Midaspattern. Tag


Chimica :: Midaspattern. Descrizione

Seleziona atomi in macromolecole Chimica :: Midaspattern è un modulo perl per selezionare gli atomi in macromolecole.synopsis usa la chimica :: mideaspattern; Utilizzare chimica :: File :: PDB; # Leggi una molecola My $ MOL = Chimica :: Macromol-> Leggi ("test.pdb"); # Definisci un modello di carbons corrispondente alfa e beta # in tutti i residui di Valine My $ STR = ': VAL @ CA, CB'; My $ PATT = Chimica :: Midaspattern-> Nuovo ($ STR); # Applicare il modello alla molecola $ Patt-> Match ($ mol); # Estrai i risultati per il mio Atom $ ($ PATT-> ATOM_MAP) {printf "% s% s ", $ Atom-> attr (" pdb / residue_name "), $ Atom-> Nome;} printf" Trovato% d Atomi ", scalare ($ patt-> atom_map); questo modulo implementa parzialmente un motore di corrispondenza del modello per la selezione di atomi in macromolecole utilizzando i modelli Midas / Chimera. Vedi http://www.cmpharm.ucsf.edu/~troyer/troff2html/midas /Midas-uh-3.html#sh-3.1 Per una descrizione dettagliata di questa lingua.Questo modulo condivide la stessa interfaccia come chimica :: Modello; per eseguire un'operazione di corrispondenza del modello su una molecola, seguire questi passaggi.1) Creare a oggetto del modello, analizzando una stringa. Supponiamo che l'oggetto del modello sia memorizzato in $ PATT e che la molecola sia $ MOL.2) esegue il modello sulla molecola chiamando $ Patt-> Match ($ MOL) .3) Se $ Patt-> Match () restituisce true, estrarre la "mappa" che racconta il modello alla molecola chiamando $ Patt-> atom_map. Questo metodo restituisce un elenco degli atomi nella molecola che sono abbinati dal modello. Quindi $ Patt-> Atom_map (1) sarebbe analogo alla variabile speciale di $ 1 utilizzata per la regolare corrispondenza della expresion. La differenza tra chimica :: Pattern e Perl Regular ex Le pressioni sono che gli atomi vengono sempre catturati e che ogni atomo utilizza sempre uno "slot". Requisiti: · Perl.


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