Bioperl. Estensioni perl per bioinformatica.
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Bioperl. Classifica e riepilogo

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Bioperl. Descrizione

Un'estensione perl per bioinformatica. Il progetto Bioperl è una raccolta di moduli perl che facilitano lo sviluppo di script perl per applicazioni di bioinformatica. Come tale, non include programmi pronti per l'uso nel senso che molti pacchetti commerciali e interfacce basate su Web gratuiti fanno (ad es. Entrez, SRS). L'altra mano, Bioperl fornisce moduli perl riutilizzabili che facilitano la scrittura di script perl per la sequenza Manipolazione, accesso ai database utilizzando una gamma di formati di dati ed esecuzione e analisi dei risultati di vari programmi di biologia molecolare, tra cui Blast, Clustalw, TCoffee, Genscan, EstScan e Hmmer. Di conseguenza, Bioperl consente allo sviluppo di script in grado di analizzare grandi quantità di dati di sequenza in modi che sono tipicamente difficili o impossibili con i sistemi basati su web. Per sfruttare il Bioperl, l'utente ha bisogno di una comprensione di base del linguaggio di programmazione perl compreso una comprensione di Come utilizzare riferimenti perl, moduli, oggetti e metodi. Se questi concetti non sono familiari, l'utente è riferito a uno qualsiasi dei vari libri introduttivi o intermedi su Perl. abbiamo piaciuto il linguaggio del core perl S. Holzmer, la tecnologia di Coriolis, per esempio. Questo tutorial non è destinato a insegnare i fondamenti di Perl a quelli con poca o nessuna esperienza nel linguaggio Perl. D'altra parte, la conoscenza avanzata del Perl - come scrivere un modulo Perl orientato agli oggetti - non è necessario per utilizzare con successo BioPerl.Bioperl è il software open source che è ancora in fase di sviluppo attivo. I vantaggi del software open source sono ben noti. Includono la possibilità di esaminare e modificare liberamente il codice di origine e l'esenzione da tasse di licenza del software. Tuttavia, dal momento che il software open source è in genere sviluppato da un gran numero di programmatori volontari, il codice risultante non è spesso così chiaramente organizzato e la sua interfaccia utente non Standardizzato come in un prodotto commerciale maturo. Inoltre, in qualsiasi progetto in uno sviluppo attivo, la documentazione non può tenere il passo con lo sviluppo di nuove funzionalità. Di conseguenza la curva di apprendimento per il software sorgente open source attivamente sviluppato è a volte ripida. Requisiti: · Perl. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Questa è la prima versione core nella serie 1.6 e la prima versione stabile dopo 5 anni di rilasci di sviluppo.

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