Bio :: seqio :: fasca BIO :: SEQO :: FASTA è un modulo perl con flusso di input / output di sequenza FASTA.
Scarica ora

Bio :: seqio :: fasca Classifica e riepilogo

Bio :: seqio :: fasca Tag

modulo Perl sequenza sequenza fasta FastA. Bioperl flusso di uscita

Bio :: seqio :: fasca Descrizione

BIO :: SEQO :: FASTA è un modulo perl con flusso di input / output di sequenza FASTA. BIO :: SEQO :: FASTA è un modulo Perl con FASTA Sequence Input / Output Stream.AppendixIl resto dei dettagli della documentazione ciascuno dei metodi dell'oggetto. I metodi interni sono solitamente preceduti con un titolo _next_seq: Uso next_seq: $ SEQ = $ Stream->> Dietroversaria () Funzione: restituisce la sequenza successiva nella ritorno del flusso: BIO :: Object SEQ ARGS: NOTEWRITE_SEQ Titolo: WRITE_SEQUITAMENTO: > Funzione write_seq (@seq): scrive l'oggetto $ seq nel ritorno del flusso: 1 per il successo e 0 per errore args: array da 1 a n bio :: primaryqi oggettoswidth Titolo: larghezza utilizzo: $ obj-> larghezza ($ newval ) Funzione: Ottieni / Imposta la larghezza della linea per Returns di uscita Facta: Valore della larghezza ARGS: NewValue (opzionale) Preferred_id_type Titolo: Preferred_id_type Utilizzo: $ obj-> Preferred_id_type ('adesione') Funzione: Get / Imposta il tipo di identificatore preferito per Utilizzare nella posizione "> ID" per la produzione di FASTA. Restituisce: stringa, uno dei valori definiti in @bio :: seqio :: fasca :: seq_id_types. Default = $ BIO :: seqio :: Faska :: default_seq_id_type ('display'). ARGS: stringa durante l'impostazione. Questo deve essere uno dei valori definiti in @bio :: seqio :: fasca :: seq_id_types. Valori consentiti: adesione, accession.version, display, tiri primari: eccezione fatale se il tipo di identificazione fornito non è in @seq_id_types. Requisiti: · Perl.

Bio :: seqio :: fasca Software correlato