Bio :: grafica

Genera immagini GD di BIO :: Oggetti Seq
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Bio :: grafica Classifica e riepilogo

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  • Rating:
  • Licenza:
  • Perl Artistic License
  • Prezzo:
  • FREE
  • Nome editore:
  • Lincoln D. Stein
  • Sito web dell'editore:
  • http://search.cpan.org/~lds/

Bio :: grafica Tag


Bio :: grafica Descrizione

Genera immagini GD di Bio :: Oggetti Seq Bio :: Graphics č un modulo Perl per generare immagini GD di BIO :: SEQ Objects.Synopsis # Questo script genera un'immagine PNG di una regione di 10K contenente un set di funzionalitą rosse e un set di funzioni blu. Chiamalo come questo: # red_and_blue.pl> redblue.png # Puoi ora visualizzare l'immagine con la tua applicazione immagine preferita # Questo script analizza un file Genbank o EMBL denominato sulla riga del comando #. Chiamalo come questo: # render.pl my_file.embl | display - usa rigoroso; Usa Bio :: Graphics; Usa BIO :: seqio; il mio file $ = Shift o Die "Fornisci un file di sequenza come argomento"; My $ IO = BIO :: seqio-> Nuovo (-File => $ file) o Die "Impossibile creare BIO :: seqio"; My $ seq = $ Io-> next_seq o morire "Impossibile trovare una sequenza nel file"; My @Features = $ SEQ-> ALL_SEQFeatures; # Ordina caratteristiche dai loro tag primari la mia% ordinata_features; per i miei $ f (@features) {my $ tag = $ f-> primary_tag; push @ {$ ordinzzato_features {$ tag}}, $ f; } My $ wholeseq = bio :: seqfeature :: generic-> nuovo (-start => 1, -end => $ seq-> lunghezza); My $ Panel = BIO :: Grafica :: Panel-> Nuovo (-Lungth => $ Seq-> lunghezza, -key_style => 'tra', -width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10 ,); $ Panel-> add_track ($ wholeseq, -glyph => 'arrow', -bump => 0, -Double => 1, -Tick => 2); $ Panel-> Add_track ($ wholeseq, -glyph => 'generico', -BGCOLOR => 'BLU', -Label => 1,); # Caso generale My @Colors = QW (cyan arancione blu viola verde chartreuse magenta giallo aqua); My $ IDX = 0; per il mio tag $ (Sort Keys% ordinato_Features) {My $ Funzionalitą = $ ordinamento_features {$ tag}; $ Panel-> add_track ($ Funzionalitą, -GLYPH => 'Generico', -BGColor => $ Colori , -FGColor => 'Black', -FGColor => 'Black', -FORONT2COLOR => 'RED' > "$ {tag} s", -bump => +1, -Height => 8, -label => 1, -description => 1,); } Stampa $ Panel-> PNG; uscita 0; Requisiti: · Perl.


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