Bio :: Tree :: Compatibile BIO :: Tree :: Compatibile è un modulo Perl per testare la compatibilità di alberi filogenetici con taxa nidificata.
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filogenetico. alberi filogenetici alberi Taxa nidificata Test di compatibilità

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Bio :: Tree :: Compatibile è un modulo perl per testare la compatibilità di alberi filogenetici con taxa nidificata. Bio :: Tree :: Compatibile è un modulo Perl per testare la compatibilità di alberi filogenetici con nidificato taxa.synopsis uso Bio :: Tree :: Compatibile; Usa Bio :: Treeio; My $ INPUT = New Bio :: Treeio ('- formato' => 'newick', '-File' => 'INPUT.TRE'); My $ T1 = $ Input-> next_tree; My $ T2 = $ Input-> next_tree; My ($ Incompat, $ ILABELS, $ Inodes) = $ T1-> IS_Compatibile ($ T2); se ($ incompat) {my% cluster1 =% {$ t1-> cluster_representation}; My% cluster2 =% {$ T2-> cluster_representation}; Stampa "Incompatible Treesn"; se (scalare (@ $ ilabels)) {foreach my $ etichetta (@ $ ilabels) {my $ node1 = $ t1-> find_node (-id => $ etichetta); My $ Node2 = $ T2-> find_node (-ID => $ Etichetta); my @ c1 = ordinare @ {$ cluster1 {$ node1}}; my @ c2 = ordinare @ {$ cluster2 {$ node2}}; Stampa "Etichetta $ etichetta"; Stampa "cluster"; map {stampa "", $ _} @ c1; Stampa "cluster"; mappa {stampa "", $ _} @ c2; Stampa "N"; }} IF (Scalare (@ $ Inodes)) {while (@ $ Inodes) {My $ node1 = Shift @ $ Inodes; My $ node2 = shift @ $ Inodes; my @ c1 = ordinare @ {$ cluster1 {$ node1}}; my @ c2 = ordinare @ {$ cluster2 {$ node2}}; Stampa "cluster"; map {stampa "", $ _} @ c1; Stampa "Cluster intersesta correttamente"; mappa {stampa "", $ _} @ c2; Stampa "N"; }}} else {stampa "compatibile alberi"; } Bio :: Tree :: Compatibile è uno strumento perl per testare la compatibilità degli alberi filogenetici con taxa nidificata rappresentata come Bio :: Tree :: Oggetti albero. Si basa su una recente caratterizzazione della compatibilità ancestrale di alberi semi-etichettati in termini di rappresentazioni cluster. Un albero semi-etichettato è un albero filogenetico con alcuni dei suoi nodi interni etichettati e può rappresentare un albero di classificazione e un albero di classificazione e a Albero filogenetico con taxa nidificata, con nodi interni etichettati corrispondenti a taxa ad un livello più alto di aggregazione o nidificazione rispetto a quello dei loro discendenti. Gli alberi semi-etichettati sono compatibili se le loro restrizioni topologiche alle etichette comuni sono tali per ogni etichetta del nodo, I più piccoli cluster che lo contengono in ciascuno degli alberi coincidono e, inoltre, nessun cluster in uno degli alberi interseca correttamente un cluster dell'altro albero.Le estensioni dei vigenti di Bio :: Tree :: Compatibile include un Bio :: Tree :: Supertree Modulo per combinare alberi filogenetici compatibili con taxa nidificata in un supertree comune. Requisiti: · Perl.

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