Bio :: Strumenti :: Run :: Primer3

Crea input per e lavorare con l'uscita dal Primer3 Primer3
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Bio :: Strumenti :: Run :: Primer3 Classifica e riepilogo

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  • Rating:
  • Licenza:
  • Perl Artistic License
  • Prezzo:
  • FREE
  • Nome editore:
  • Christopher Fields
  • Sito web dell'editore:
  • http://search.cpan.org/~cjfields/

Bio :: Strumenti :: Run :: Primer3 Tag


Bio :: Strumenti :: Run :: Primer3 Descrizione

Creare input per e lavorare con l'uscita dal Programma Primer3 BIO :: Strumenti :: Esegui :: Primer3 è un modulo perl per creare input per e lavorare con l'uscita dal programma Primer3.synopsisbio :: Strumenti :: Primer3 crea i file di input necessari per progettare i primer utilizzando Primer3 e fornisce meccanismi per accedere Dati nei file di output primer3.Questo modulo fornisce un'interfaccia Bioperl al Primer3 Primer3. Vedere http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html per i dettagli e per scaricare il software. Questo modulo dovrebbe funzionare per il rilascio di Primer31 ma non è garantito di lavorare con le versioni precedenti. # progetta alcuni primer. # L'uscita verrà messa in TEMP.Out Utilizzare BIO :: Strumenti :: RUN :: Primer3; Usa bio :: seqio; My $ SEQO = BIO :: seqio-> Nuovo (-File => 'Data / DNA1.FA'); My $ seq = $ seqio-> next_seq; My $ Primer3 = BIO :: Strumenti :: Run :: Primer3-> Nuovo (-Seq => $ SEQ, -OUTFile => "Temp.out", -path => "/ usr / bin / primer3_core"); # o dopo il fatto che è possibile modificare il programma_name $ Primer3-> Program_Name ('my_suprefast_primer3'); A meno che ($ primer3-> eseguibile) {stampa STDERR "PRIMER3 non può essere trovato. È installato? "; uscita (-1)} # quali sono gli argomenti e cosa significano? My $ args = $ primer3-> argomenti; stampa" Significato argomento "; foreach my $ key (keys% {$ args}) {stampa" $ key ", $$ args {$ key}" "} # Impostare il massimo e il TM massimo e minimo del primer $ Primer3-> Add_targets ('primer_min_tm' => 56, 'primer_max_tm' => 90); # progetta i primer. Questo funziona Primer3 e restituisce un # Bio :: : Esegui :: Primer3 Object con i risultati $ Risultati = $ PRIMER3-> RUN; # Vedi The Bio :: Strumenti :: RUN :: Primer3 Pod per # cose che puoi ottenere da questo. Ad esempio: Stampa "C'erano" , $ Risultati-> numero_of_results, "Primer "; BIO :: Strumenti :: Esegui :: Primer3 crea i file di input necessari per progettare i primer utilizzando Primer3 e fornisce meccanismi per accedere ai dati nel Primer3 Output Files.Questo modulo fornisce un'interfaccia Bioperl al Primer3 Primer3. Vedi http: // www-genome.wi.mit.edu/genome_software/other/primer3.html per i dettagli e per scaricare il software.Developer CommentiQuestShis Module si basa su uno scritto da Ciad Matsalla. Ho strappato un po 'del suo codice e ha aggiunto un sacco di il mio. Requisiti: · Perl.


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