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Banca dati modulo Perl ricerca nel database sequenza Sequenza sequenza

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BIO :: Strumenti :: Esegui :: PisaApplication :: Fastba è una classe Bioperl per la ricerca del database della sequenza. BIO :: Strumenti :: Run :: PisApplication :: FASTA è una classe Bioperl per la ricerca del database di sequenza. Search.Parametrers: Faca (escl) FASTA PROGRAMMA QUERY (Sequenza) Query Sequence File Tubo: Seqfile Seqtype (escl) è un DNA o una proteina Sequence (-n) Protein_db (escl) database proteico Nucleotid_db (escl) database Nucleotid Break_long (Integer) Break Long Library Sequents in blocchi (-n) KTUP (Integer) KTUP: sensibilità e velocità della ricerca (proteina: 2, DNA: 6) Optcut Optcut (Integer): la soglia per l'ottimizzazione. (-C) Penalità Gapinit (Integer) per l'iniziazione del gap (-12 per impostazione predefinita per FastA con proteine, -16 per DNA) (-F) Gapext (Integer) Penalità per la durata del gap (-2 per impostazione predefinita per FastA con Proteins, - 4 per DNA) (-g) High_expect (float) Soglia di valore massima di attesa massima per la visualizzazione di punteggi e allineamenti (-e) Low_expect (float) Soglia minima di destinazione in attesa per la visualizzazione di punteggi e allineamenti (-F) Nucleotid_match (intero) ricompensa per un nucleotideo Match (-R) Nucleotid_mismatch (intero) Penalty per un Nucleotid Mismatch (-R) Matrix (escl) Penalità di matrice di punteggio (-S) X_penalty (Integer) Penalità per una partita a "X" (indipendentemente dalla matrice Pam) (- x) Penalità di Frameshift (Integer) per Frameshift tra codone (Veloce / TFAST ) (- H) Frameshift_within (intero) Penalità per Frameshift all'interno di un codone (Fastyly / TFASTY) (- J) ThreeFrame (Switch) Search Solo i tre telai in avanti (TFASTA) (-3) Inverti (Switch) Complement Complement La sequenza di query (ALL TFASTA) (-i) Genetic_Code (escl) Usa Genetic C Ode for traduzione (TFASTA / TFAST / Fast ) (-T) Band (Integer) Larghezza della banda utilizzata per l'ottimizzazione (-Y) Swalig (Switch) Unlimited Smith-Waterman Allineamento per il DNA (-a) NOOPT (Switch) No Limited Optimization (-O) Stat (escl) Specifica il calcolo statistico. (-Z) RANDOM (Switch) Stima I parametri Stimate da copie mescolate di ciascuna sequenza libreria (-z) istogramma (interruttore) Nessun istogramma (-H) punteggi (numero intero) Numero di punteggi di somiglianza da mostrare (-b) Alns (numero intero ) Numero di allineamenti da mostrare (-D) HTML_OUTUTUT (Switch) Uscita HTML (-M) Markx (Escl) Visualizzazione alternativa di partite e mancate corrispondenze in allineamenti Init1 (Switch) Sequenze classificate dal punteggio Z in base al punteggio Init1 ( -1) z_score_out (escl) mostra il punteggio normalizzante come (-b) showall (switch) Entrambe le sequenze sono mostrate nella loro interezza in allineamenti (solo Face) (-a) Linlen (Integer) Lunghezza della linea di uscita per Allineamenti di sequenza (max. 200 ) (-W) Offset (stringa) Iniziare la numerazione Le sequenze allineate in posizione X1 X2 (2 numeri) (-x) Info (Switch) Visualizza ulteriori informazioni sulla sequenza della libreria nell'inignment (-L) StatFile (Outfile) Scrivi L'identificatore di sequenza, il numero di superfamily e il punteggio di somiglianza a questo file (-R) filtro (switch) filtro minuscolo filtrante (-s) outfile (Outfil e) tubo: mview_input html_outfile (outfile) Requisiti: · Perl.

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