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modulo Perl punteggio Bioperl Blast Report. PACINAZIONE ALTA PACE. HSP

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BIO :: Strumenti :: Bplite :: HSP è un BLAST Report High Scoring Pair (HSP). BIO :: Strumenti :: Bplite :: HSP è un Blast Report High Scoring Pair (HSP) .Synopsis Utilizzo Bio :: Strumenti :: Bplite; My $ report = New Bio :: Strumenti :: Bplite (-FH => * stdin); {while (my $ sbjct = $ report-> nextsbjct) {while (my $ hsp = $ sbjct-> nexthsp) {$ hsp-> punteggio; $ hsp-> bit; $ hsp-> percento; $ HSP-> P; $ hsp-> match; $ hsp-> positivo; $ hsp-> lunghezza; $ HSP-> Queryseq; $ HSP-> SBJCTSEQ; $ hsp-> omologyseq; $ hsp-> query-> partenza; $ hsp-> query-> fine; $ hsp-> hit-> partenza; $ HSP-> Hit-> End; $ hsp-> hit-> seq_id; $ hsp-> hit-> si sovrappongono ($ exon); }} # La seguente riga ti porta al report successivo nel file Stream / File, restituirà 0 se tale rapporto è vuoto, # ma è valido per un rapporto di esplosione vuoto. # Rendimenti -1 per EOF. ultimo se $ report -> _ parseheader == -1; Redo} Questo oggetto gestisce i dati elevati di accoppiamento del punteggio per un rapporto di esplosione. Qui è il punto in cui la percentuale identità, la query e la lunghezza della sequenza di colpi, il valore P, ecc. Sono memorizzati e dove la maggior parte delle informazioni necessarie si trova durante la creazione della logica che andava a ansimare un rapporto di esplosione. Requisiti: · Perl.

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