Bio :: SeqFeature :: Strumenti :: Unfallenteer BIO :: SEQFATURAURE :: Strumenti :: UNFLATTINER è un modulo Perl che trasforma la lista piatta delle funzioni di origine genbank.
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BIO :: SeqFeature :: Strumenti :: Unfallenteer è un modulo perl che trasforma la lista piatta delle funzioni di origine genbank. BIO :: SeqFeature :: Strumenti :: Unflallenteer è un modulo Perl che trasforma la lista piatta delle funzioni di origine genbank in una gerarchia di seqfaturei nidificata.synopsis # Uso standard / generico - Unflatten a Genbank Record Uso Bio :: seqio; Usa Bio :: SeqFeature :: Strumenti :: Unfatter; # Genera un oggetto UNFLATTINER $ UNFLATTINER = BIO :: seqFeature :: Tools :: Unflattenner-> Nuovo; # prima scopare un oggetto Genbank Seqi $ seqio = bio :: seqio-> nuovo (-File => 'AE003644.GBK', -Format => 'Genbank'); My $ OUT = BIO :: seqio-> Nuovo (-Format => 'ASCIITREE'); while ($ seq = $ seqio-> next_seq ()) {# Ottieni il livello superiore non ricoperto di seqfeaturei oggetti $ Unfattener-> Unflatten_seq (-seq => $ seq, -use_magic => 1); $ out-> write_seq ($ seq); @top_sfs = $ seq-> get_seqfeatures; Foreach My $ SF (@TOP_SFS) {# Fai qualcosa con le caratteristiche di alto livello (ad es. Geni)}} La maggior parte delle voci di Genbank per il DNA genomico annotato contiene una lista piana di funzionalità. Queste funzionalità possono essere analizzate in una lista piana equivalente di BIO :: SEQFeaturei Objects utilizzando le classi BIO standard :: SEQO. Tuttavia, è spesso auspicabile per infilzare questo elenco in qualcosa che assomiglia ai modelli di geni reali, in cui i geni, le mRNA e i CDS sono annidati in base alla natura del modello genico. Il modello di oggetti Bioperl ci consente di memorizzare questo tipo di associazioni tra SeqFeatures in Gerarchie di contenimento: qualsiasi oggetto SeqFeaturei può contenere oggetti seqFeaturei annidati. The Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattleer Object facilita la costruzione di queste gerarchie dalla rappresentazione della lista flat-feature-classing Genbank. Requisiti: · Perl.

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