Bio :: Index :: Fax BIO :: INDICE :: FASTTA è un'interfaccia perl per l'indicizzazione (multipli) file FASTA.
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Bio :: Index :: Fax Classifica e riepilogo

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modulo Perl indicizzazione interfaccia Perl bio. FastA. Faska Indexing.

Bio :: Index :: Fax Descrizione

BIO :: INDICE :: FASTA è un'interfaccia Perl per l'indicizzazione dei file FASTA (multipli). BIO :: INDICE :: FASTA è un'interfaccia Perl per l'indicizzazione (multiplo) FASTA Files.Synopsis # Codice completo per effettuare un indice per diversi file # FASTA Usa BIO :: Index :: Fax; usare rigoroso; My $ index_file_name = shift; My $ INX = BIO :: Index :: Face-> Nuovo ('-FileName' => $ index_file_name, '-write_flag' => 1); $ inx-> make_index (@argv); # Stampa di diverse sequenze presenti nell'indice # in formato Facta Usa Bio :: Index :: Fax; usare rigoroso; My $ index_file_name = shift; My $ INX = BIO :: INDICE :: FASTA-> NUOVO ('- Nome file' => $ index_file_name); My $ OUT = BIO :: seqio-> nuovo ('- formato' => 'fasca', '- fh' => * stdout); foreach My $ ID (@ARGV) {My $ Seq = $ INX-> Fetch ($ ID); # Restituisce Bio :: Oggetto Seq $ fuori-> write_seq ($ seq); } # o, in alternativa il mio $ ID; My $ Seq = $ INX-> Get_seq_by_id ($ ID); #identical to Fetchinherits funzioni per la gestione dei file DBM da Bio :: Index :: Abstract.pm e fornisce la funzioni di base per l'indicizzazione dei file FASTA e recuperando la sequenza da loro. Per i migliori risultati "Usa rigorto'.Bio :: Index :: Facta supporta l'interfaccia BIO ::: DB :: BIOSEQI, il che significa che può essere utilizzato come database di sequenza per altre parti di bioperldetails sulla configurazione e il codice di esempio aggiuntivo sono disponibili nel Biodatabases.Pod File, Script / Index / * Pls e in BPPTORIAL.pl.Nota che per impostazione predefinita La chiave per la sequenza sarà la prima stringa continua dopo il '>' nell'intestazione FASTA. Se si desidera utilizzare una sottostringa specifica dell'intestazione FASTA è necessario utilizzare il metodo ID_Parser (). Requisiti: · Perl.

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